r - ggplot 手动设置 scale_color_gradientn

Question

我有一个这样的数据框

BP        R2      LOG10
96162057 0.2118000 2.66514431
96162096 0.0124700 0.31749391
96162281 0.0008941 0.07012148
96163560 0.5011000 2.48505399
96163638 0.8702000 3.37778598

我想根据 LOG10 绘制 BP，并用 R2 为点着色。R2 是从 0 到 1 的连续值。

myplot <- read.cvs("mytable.csv",head=TRUE)
attach(myplot)
ggplot(myplot,aes(BP,LOG10, color=R2)) + geom_point() 

到目前为止，一切都很好。但是，我想以手动选择的间隔和颜色显示 R2 颜色，就像这样（如果我有离散值）。

ggplot(myplot,aes(BP,LOG10, color=R2)) + geom_point() + 
      scale_color_manual(breaks= c("1","0.8","0.6","0.4","0.2","0"), 
                values = c("red","yellow","green","lightblue","darkblue"))
Error: Continuous value supplied to discrete scale

这看起来很漂亮，但我宁愿自己设置颜色。

ggplot(myplot,aes(BP,LOG10, color=R2)) + geom_point(shape=1) + 
               scale_colour_gradientn(colours = rainbow(10))

那么，如何从连续值（1-0.8、0.8-0.6、0.6-0.4、0.4-0.2、0.2-0）中手动选择间隔，并根据自己的喜好为它们着色（红色、黄色、绿色、浅色、深蓝色） ? 颜色之间的平滑渐变会很酷，但并不重要。

Answer 1

您可以使用scale_colour_gradientn()然后提供您自己的colours=和values=. 值将给出每种颜色的间隔。

ggplot(myplot,aes(BP,LOG10, color = R2)) + geom_point() + 
  scale_colour_gradientn(colours = c("red","yellow","green","lightblue","darkblue"),
                         values = c(1.0,0.8,0.6,0.4,0.2,0)) 

Answer 2

4 年后对这篇文章发表评论：重要的是要注意“值”将您的变量值映射在 0 和 1 之间，0 是最低值，1 是最高值。在此示例中，它恰好适合 0 到 1 的变量值。