bioinformatics - Bowtie 和 Sam 格式对齐文件的转换

Question

我需要我的对齐文件都采用 bowtie 和 samtools 格式，以便稍后在我的管道中将它们输入到不同的程序中。有什么方法可以将 sam 对齐文件转换为 bowtie 对齐文件，反之亦然？

另一种方法是进行两次对齐，并让 bowtie 程序在每种情况下以不同的格式输出它。但是，这会浪费太多时间。

Answer 1

我不知道具体的方法，但我会从 bowtie 获取 SAM，然后转换为 bowtie 格式，因为 SAM 拥有所有信息。您可以使用带有 awk 的简单命令 linux 来完成。