r - 如何使用免费软件从微阵列 Gene Pix 数据计算贝叶斯网络？

Question

我尝试使用 MeV26、Bayesia 软件和 R 从 26 列基因表达微阵列编号（.csv 文件，那里有 652 个基因）制作贝叶斯网络。有经验的人可以建议使用哪些软件和脚本以及哪些书籍和教程最适合该任务？是否有任何 Python 或 Ruby 库可以做到这一点？

谢谢

Answer 1

软件工具：

最简单的方法是使用WEKA。只需将数据导入 WEKA，选择贝叶斯/贝叶斯网络 (BN) 作为分类器选项，学习结构并查看分类性能。

第二种是将 R 与bnlearn包一起使用。

一般来说，您可以找到所有主要语言的 BN 库。我不熟悉 Ruby，但 Python 有这个。

但同样，我建议首先使用 WEKA，因为它几乎可以立即为您提供结果，您可以稍后使用它来对您通过弄脏手/用任何语言编码获得的更详细的结果进行基准测试。

阅读：

显然，在 BN 上发表了许多文章，但您可能无法访问它们，我认为您不想立即付费购买一本书。MatLab BNT 的开发人员 K. Murphy 有一篇很好的介绍性文章。此外，BNT 的手册本身为 BN 的使用提供了一个很好的、简短的和动手操作（如果你有 MatLab）的介绍。