2

我正在利用 R 中的 ggplot2 包按计数绘制功能类别。如下图所示，这些类别已按蛋白质计数以及它们所属的类别进行排序。

在此处输入图像描述

这是我正在使用的数据集的一部分：

GO_Category                              protein_count  Class
aromatic amino acid family metabolic process        24  Amino acid metabolism
glutamine family amino acid metabolic process       14  Amino acid metabolism
aspartate family amino acid metabolic process       10  Amino acid metabolism
glutamine family amino acid biosynthetic process    9   Amino acid metabolism
branched-chain amino acid metabolic process         8   Amino acid metabolism
peptidyl-lysine modification to hypusine            4   Amino acid metabolism
ornithine metabolic process                         3   Amino acid metabolism
single-organism carbohydrate metabolic process      125 Carbohydrate metabolism
carbohydrate biosynthetic process                   55  Carbohydrate metabolism
pentose metabolic process                           7   Carbohydrate metabolism
mannose metabolic process                           3   Carbohydrate metabolism
organelle organization                              101 Cellular components
ribonucleoprotein complex biogenesis                41  Cellular components
plastid organization                                35  Cellular components

这是我在 R 中使用的代码：

nameorder <- df$GO_Category[order(df$Class, df$protein_count)]
df$GO_Category <- factor(df$GO_Category, levels=nameorder)
ggplot(data=df, aes(x=GO_Category, y=protein_count, fill=GO_Category)) + 
  geom_bar(color="black", stat="identity", width=0.5, position=position_dodge(.5)) + 
  coord_flip() + 
  guides(fill=FALSE) + 
  ylab("Protein Association Count") + xlab("Gene Ontology Category") +
  theme(panel.grid.minor.y=element_blank(), panel.grid.major.y=element_blank(), axis.text.y=element_text(colour="#999999")) + 
  theme(panel.background = element_blank()) +
  theme(text = element_text(size = 10)) +
  geom_text(aes(label = protein_count), size = 3, hjust = -0.5)

我想做的是通过他们的类标识符来分面组，但保持 y 轴的结构。我在这方面的尝试产生了一些相当丑陋的图，这些图似乎在每个方面的 y 轴上重复了标签。

在此处输入图像描述

4

1 回答 1

1

facet_wrap 有一个可以使用的参数 scales。scales='free_y' （或者可能是 'free_x' 如果你做了一个 coord_flip() 来制作这个情节）应该可以解决问题 - http://docs.ggplot2.org/0.9.3.1/facet_wrap.html

因子变量上下文中的“免费”意味着在该类别中未观察到的值未显示在轴上。

将其与 space = 'free_x'/'free_y' 结合使用，以使所有方面的比例相同（因此具有更少或更多类别的类别不会缩小/放大。

编辑：空间还没有为 facet_wrap 实现，但你可以用 facet_grid 实现你想要的

于 2013-07-31T20:04:35.463 回答