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我想用来hclust对数据进行聚类。但我不想使用“dist()”来生成 dist 对象。然后我发现我不能将对称矩阵作为距离矩阵传递给hclust.

如何将对称矩阵转换为“dist”对象？

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听起来您已经计算了一个矩阵，并希望在 hclust.xml 中使用它。就像@shadow 说的，你可以as.dist(yourMatrix)用来转换成 dist 格式。

给定一个对称的距离表：

> yourMatrix<-matrix(c(1,2,3,4,2,1,2,1,3,2,1,3,4,1,3,1), nrow=4)
     [,1] [,2] [,3] [,4]
[1,]    1    2    3    4
[2,]    2    1    2    1
[3,]    3    2    1    3
[4,]    4    1    3    1
>
>as.dist(yourMatrix)
  1 2 3
2 2    
3 3 2  
4 4 1 3

确保矩阵中的值是相异性或距离度量而不是相似性分数。

于 2013-07-26T13:25:01.920 回答
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这是你需要的吗？dist(matrix(1:16, nrow=4))

于 2013-07-26T09:05:43.867 回答