在 Mathematica 的选项SimilarityRules http://reference.wolfram.com/mathematica/ref/SimilarityRules.html for SequenceAlignment http://reference.wolfram.com/mathematica/ref/SequenceAlignment.html 是推相似矩阵的可能性 - 比如“爆炸”“BLOSUM62”“BLOSUM80”“PAM30”“PAM70”“PAM250”。如果我想使用自己的怎么办？我是否必须为每个字母组合使用 {{a_,a_}->1,{a_,b_}->-1} 等来定义它？或者是否有可能编写我自己的并将其存储为矩阵，而不是导入它？使用mathematica 矩阵定义此类对象的最快选择是什么？
任何帮助将不胜感激，
干杯，米。
我对“BLOSUM”（命名的相似性规则矩阵之一）进行了 grep，以查看它的定义位置，并希望发现其实现机制。我发现它似乎是在一个名为 SimilarityScoreMatrices.mx 的文件中定义的，这是一个二进制 Mathematica 文件，大致相当于编译语言中的目标文件。我还查找了其中包含“BLOSUM”的文件，但没有找到。所有这一切都是说 Wolfram 似乎不打算扩展这些名称，因为如果他们这样做，该机制可能会在文档中发现，或者至少可以在文档中发现通过我所做的那种狩猎。
但是，您仍然可以为所欲为。如果您构建规则列表，您可以使用DumpSave[]将其写入二进制图像，并使用Get[]将它们读回。
最后一点，SimilarityRules 看起来非常像 Mathematica 的SparseArray规则。如果发现命名的相似性规则矩阵实际上只是 SparseArrays，我不会感到太惊讶。这可能是因为您在传递规则方面没有失去任何效率，因为 Mathematica 对矩阵所做的事情。它甚至可能是你可以传入一个 SpareArray，但它没有以这种方式记录，我也没有尝试过。