我无法弄清楚如何使用 python NetworkX 包使用来自分子动力学模拟的原子坐标生成图形。理想情况下，如果我可以“移交”原子坐标并获得一个节点是原子而边缘是最近邻居的图形，那将是很好的。我还需要生成最短路径环。一种解决方案可能是使用 Scipy.spatial.KDTree 模块来获取最近的邻居并从这些结果中手动插入节点和边。有没有人有其他想法？
谢谢你的帮助！
-SB
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如果你还在寻找这个，我写了一个 python 脚本，它完全符合你的要求：来自原子坐标的最短路径环。
http://sourceforge.net/projects/polypy/
我正在开发 C++ 版本。
于 2013-11-04T12:53:34.430 回答
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您使用 scipy.spatial.KDTree 的想法听起来不错。看一下这个例子，它应该可以帮助你了解大部分情况：NetworkX Random Geometric Graph Implementation using KD Trees
于 2013-07-21T18:54:29.513 回答