r - 用于读取和保存的多个文件

Question

我有多个文件要读取，还要做热图，之后将保存输出。不知何故，下面的代码存在问题，我无法弄清楚它为什么不起作用。文件：mxn.dat、scu.dat、emun.dat、ser.dat

files <- list.files(pattern=".dat")
for (i in length(files)){
data <-read.table(files[i],row.names=1,header=T,sep='\t')
  for in length(files){
  png('i.png') 
  pheatmap(t(data[i]), cellwidth = 32, cellheight = 14, fontsize = 5, show_colnames =  T, cluster_cols = FALSE)
  dev.off()
  } 
}

任何帮助将不胜感激以使代码正常工作。

谢谢

抢

Answer 1

SimonO101 解决方案的变体：

files <- list.files(pattern=".dat")

for( f in files )
{
  data <-read.table( f, row.names = TRUE, header = TRUE, sep = '\t' )
  png( gsub( "pdf", "png", f ) )
  pheatmap( t( data ), cellwidth = 32, cellheight = 14, fontsize = 5, show_colnames =  T,    cluster_cols = FALSE)
  dev.off()
} 

更容易阅读（我相信）并且具有保留原始文件名的优势（？），只更改扩展名。

Answer 2

不是一个可重复的例子，所以我无法测试这是否会起作用（不知何故，我认为这太本地化了，对未来的访问者有用），但也许试试这个......

files <- list.files(pattern=".dat")

for (i in 1:length(files)){
  data <-read.table( files[i],row.names=1,header=T,sep='\t')
  png( paste0( i , '.png' ) )
    pheatmap( t( data ), cellwidth = 32, cellheight = 14, fontsize = 5, show_colnames =  T, cluster_cols = FALSE)
  dev.off()
  }