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我有一个要解析和访问节点的 RDF/XML 数据。它看起来像这样：

<!-- http://purl.obolibrary.org/obo/VO_0000185 -->

    <owl:Class rdf:about="&obo;VO_0000185">
        <rdfs:label>Influenza virus gene</rdfs:label>
        <rdfs:subClassOf rdf:resource="&obo;VO_0000156"/>
        <obo:IAO_0000117>YH</obo:IAO_0000117>
    </owl:Class>



    <!-- http://purl.obolibrary.org/obo/VO_0000186 -->

    <owl:Class rdf:about="&obo;VO_0000186">
        <rdfs:label>RNA vaccine</rdfs:label>
        <owl:equivalentClass>
            <owl:Class>
                <owl:intersectionOf rdf:parseType="Collection">
                    <rdf:Description rdf:about="&obo;VO_0000001"/>
                    <owl:Restriction>
                        <owl:onProperty rdf:resource="&obo;BFO_0000161"/>
                        <owl:someValuesFrom rdf:resource="&obo;VO_0000728"/>
                    </owl:Restriction>
                </owl:intersectionOf>
            </owl:Class>
        </owl:equivalentClass>
        <rdfs:subClassOf rdf:resource="&obo;VO_0000001"/>
        <obo:IAO_0000116>Using RNA may eliminate the problem of having to tailor a vaccine for each individual patient with their specific immunity. The advantage of RNA is that it can be used for all immunity types and can be taken from a single cell. DNA vaccines need to produce RNA which then prompts the manufacture of proteins. However, RNA vaccine eliminates the step from DNA to RNA.</obo:IAO_0000116>
        <obo:IAO_0000115>A vaccine that uses RNA(s) derived from a pathogen organism.</obo:IAO_0000115>
        <obo:IAO_0000117>YH</obo:IAO_0000117>
    </owl:Class>

完整的 RDF/XML 文件可以在这里找到。

我想要做的是执行以下操作：

  1. 查找包含条目的块<rdfs:subClassOf rdf:resource="&obo;VO_0000001"/>
  2. 访问由以下定义的字面术语<rdfs:label>...</rdfs:label>

因此，在上面的示例中，代码将通过第二个块并输出：“RNA 疫苗”。

我目前坚持使用以下代码。我无法访问节点的地方。正确的方法是什么？欢迎使用 XML::LibXML 以外的解决方案。

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Data::Dumper;
use Carp;
use File::Basename;
use XML::LibXML 1.70;

my $filename = "VO.owl";
# Obtained from http://svn.code.sf.net/p/vaccineontology/code/trunk/src/ontology/VO.owl

my $parser = XML::LibXML->new();
my $doc = $parser->parse_file( $filename );

foreach my $chunk ($doc->findnodes('/owl:Class')) {
        my ($label) = $chunk->findnodes('./rdfs:label');
        my ($subclass) = $chunk->findnodes('./rdfs:subClassOf');
        print $label->to_literal;
        print $subclass->to_literal;

}
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3 回答 3

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像解析 XML 一样解析 RDF 是愚蠢的。完全相同的数据可以以许多不同的方式出现。例如，以下所有 RDF 文件都携带相同的数据。任何符合 RDF 的实现必须以相同的方式处理它们......

<!-- example 1 -->
<rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#">
  <rdf:Description rdf:about="#me">
    <rdf:type rdf:resource="http://xmlns.com/foaf/0.1/Person" />
    <foaf:name>Toby Inkster</foaf:name>
  </rdf:Description>
</rdf:RDF>

<!-- example 2 -->
<rdf:RDF
    xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
    xmlns:foaf="http://xmlns.com/foaf/0.1/">
  <foaf:Person rdf:about="#me">
    <foaf:name>Toby Inkster</foaf:name>
  </foaf:Person>
</rdf:RDF>

<!-- example 3 -->
<rdf:RDF
    xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
    xmlns:foaf="http://xmlns.com/foaf/0.1/">
  <foaf:Person rdf:about="#me" foaf:name="Toby Inkster" />
</rdf:RDF>

<!-- example 4 -->
<rdf:RDF
    xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
    xmlns:foaf="">
  <rdf:Description rdf:about="#me"
    rdf:type="http://xmlns.com/foaf/0.1/Person"
    foaf:name="Toby Inkster" />
</rdf:RDF>

<!-- example 5 -->
<rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#">
  <rdf:Description rdf:ID="me">
    <rdf:type>
      <rdf:Description rdf:about="http://xmlns.com/foaf/0.1/Person" />
    </rdf:type>
    <foaf:name>Toby Inkster</foaf:name>
  </rdf:Description>
</rdf:RDF>

<!-- example 6 -->
<foaf:Person
    xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
    xmlns:foaf="http://xmlns.com/foaf/0.1/"
    rdf:about="#me"
    foaf:name="Toby Inkster" />

我也可以轻松列出六种其他变体，但我会停在那里。而这个 RDF 文件只包含两个语句——我是一个人；我的名字是“Toby Inkster”——OP 的数据包含超过 50,000 条语句。

而这只是RDF的XML序列化；还有其他的序列化。

如果您尝试使用 XPath 处理所有这些，您最终可能会变成一个被锁在某处塔楼中的疯子，在睡梦中喃喃自语关于三元组的事情；三胞胎...

幸运的是，格雷格威廉姆斯已经为你服用了心理健康子弹。RDF::Trine和RDF::Query不仅是 Perl 最好的 RDF 框架；它们是所有编程语言中最好的。

以下是如何使用 RDF::Trine 和 RDF::Query 来完成 OP 的任务：

#!/usr/bin/env perl

use v5.12;
use RDF::Trine;
use RDF::Query;

my $model = 'RDF::Trine::Model'->new(
    'RDF::Trine::Store::DBI'->new(
        'vo',
        'dbi:SQLite:dbname=/tmp/vo.sqlite',
        '',  # no username
        '',  # no password
    ),
);

'RDF::Trine::Parser::RDFXML'->new->parse_url_into_model(
    'http://svn.code.sf.net/p/vaccineontology/code/trunk/src/ontology/VO.owl',
    $model,
) unless $model->size > 0;

my $query = RDF::Query->new(<<'SPARQL');
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
SELECT ?super_label ?sub_label
WHERE {
    ?sub rdfs:subClassOf ?super .
    ?sub rdfs:label ?sub_label .
    ?super rdfs:label ?super_label .
}
LIMIT 5
SPARQL

print $query->execute($model)->as_string;

样本输出：

+----------------------------+----------------------------------+
| super_label                | sub_label                        |
+----------------------------+----------------------------------+
| "Aves vaccine"             | "Ducks vaccine"                  |
| "route of administration"  | "intravaginal route"             |
| "Shigella gene"            | "aroA from Shigella"             |
| "Papillomavirus vaccine"   | "Bovine papillomavirus vaccine"  |
| "virus protein"            | "Feline leukemia virus protein"  |
+----------------------------+----------------------------------+

更新：这是一个 SPARQL 查询，可以插入上面的脚本以检索您想要的数据：

PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX obo:  <http://purl.obolibrary.org/obo/>
SELECT ?subclass ?label
WHERE {
    ?subclass
        rdfs:subClassOf obo:VO_0000001 ;
        rdfs:label ?label .
}
于 2013-07-19T14:27:22.013 回答
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看看perlrdf.org网站，其中包含许多用于使用 RDF 的 Perl 包的链接。

使用这些可能比使用 XPath 访问 RDF/XML 更灵活且更不容易出错，因为 RDF/XML 不是规范化的序列化，即相同的数据可以根据用于序列化的工具以不同的 XML 形式表示。

于 2013-07-18T06:51:53.487 回答
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/owl:Class不是 XML 文档中的根元素。您必须将根元素包含到您的 XPath:/rdf:RDF/owl:Class中。或者，如果您想获取所有出现的位置，无论 XML 树的深度如何，都可以使用双斜杠表示法：//owl:Class.

于 2013-07-18T05:53:19.670 回答