r - 将参数从对 bash 脚本的调用传递到 Rscript

Question

我有一个 bash 脚本，它做一些事情，然后调用 Rscript。这里举一个简单的例子来说明：

测试.sh：

Rscript test.r

测试.r：

args <- commandArgs()
print(args)

如何./test.sh hello在命令行上使用 R 打印你好？

Answer 1

你可以让 bash 使用类似这样的 bash 脚本将所有参数传递给 R 脚本：

#!/bin/bash

Rscript /path/to/R/script --args "$*"

exit 0

然后，您可以选择需要在 R 中丢弃多少来自 $* 的参数。

Answer 2

我注意到处理这个问题的方法是：

测试.sh：

Rscript test.r $1

测试.r：

args <- commandArgs(TRUE)
print(args)

$1表示传递给 bash 脚本的第一个参数。

当调用commandArgs()而不是 时commandArgs(TRUE)，它不会从 bash 传递，而是会打印内部调用的其他参数。

Answer 3

关于asb的回答：

having "--args" in the line of bash script doesn't work, the "--args" was taken as the literal of real argument that I want to pass into my R script. Taking it out works, i.e. "Rscript /path/to/my/rfile.R arg1 arg2"

bash version: GNU bash, version 3.2.25(1)-release (x86_64-redhat-linux-gnu) Rscript version: R scripting front-end version 3.0.1 (2013-05-16)