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我正在构建一个数据管道,将原始文件处理成二进制文件。文件很大并且有多个步骤,因此尽可能避免写入磁盘是有利的。获取一个子进程的输出并使其成为另一个子进程的输入很容易,但是如何处理需要多个输入文件的子进程呢?尤其是:

我有两个进程对两个文件 A 和 B 进行操作,它们输出文件 A' 和 B'。下一个命令使用以下 shell 语法

bwa sampe referencefile A' B' A B

需要五个文件。如果将 A' 和 B' 写入磁盘,这可以很容易地完成shell=True,但这是我想要避免的。如何实现避免写入磁盘并保持正确顺序的 stdout -> stdin 关系?

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“命名管道”:该 bash 命令是否适用于 python?

bwa sampe referencefile <(bwa aln ref fastq1)  <(bwa aln ref fastq2) fastq1 fastq2

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于 2013-07-13T00:29:18.907 回答