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我正在尝试使用笔记本电脑上的并行处理在 R 中运行 NetLogo 模拟（使用 RNetLogo 包）。我正在尝试使用 3 个（即 0、25 和 50）个不同的“最小分离”值来评估“女性的 t 喂养”。对于每个“最小分离”值，我想复制模拟 10 次。我可以正确运行所有内容，lapply但我在使用parLapply. 我刚刚开始使用包“parallel”，所以我确定它是语法中的东西。 

#Set up clusters for parallel
processors <- detectCores()
cl <- makeCluster(processors)

#Simulation
sim3 <- function(min_sep) {
 NLCommand("set minimum-separation ", min_sep, "setup")
 ret <- NLDoReport(720, "go", "[t-feeding] of females", as.data.frame=TRUE)
 tot <- sum(ret[,1])
 return(tot)
}  

#Replicate simulations 10 times using lapply and create boxplots.  This one works.
rep.sim3 <- function(min_sep, rep) {
 return(
 lapply(min_sep, function(min_sep) {
 replicate(rep, sim3(min_sep))
 })
 )
}
d <- seq(0,50,25)
res <- rep.sim3(d,10)
boxplot(res,names=d, xlab="Minimum Separation", ylab="Time spent feeding")

#Replicate simulations 10 times using parLapply.  This one does not work.
rep.sim3 <- function(min_sep, rep) {
 return(
 parLapply(cl, min_sep, function(min_sep) {
 replicate(rep, sim3(min_sep))
 })
 )
}
d <- seq(0,50,25)
res <- rep.sim3(d,10)

# Error in checkForRemoteErrors(val) : 3 nodes produced errors; first error: could not find function "sim3"

#Replicate simulations 10 times using parLapply.  This one does work but creates a list of the wrong length and therefore the boxplot cannot be plotted correctly.
rep.sim3 <- function(min_sep, rep) {
 return(
 parLapply(cl, replicate(rep, d), sim3))
}
d <- seq(0,50,25)
res <- rep.sim3(d,10)

理想情况下，我想做第一个parLapply工作。或者，我想我可以修改有效res的parLapply列表，使列表的长度max_sep不是 30。但是，我似乎不能这样做。任何帮助将非常感激！

提前致谢。

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您需要在执行之前初始化集群工作者rep.sim3。错误消息表明您的工作人员无法执行该sim3功能，因为您尚未将其导出给他们。另外，我注意到您也没有将RNetlogo包加载到工人身上。

初始化工人的最简单方法是使用clusterEvalQandclusterExport函数：

clusterEvalQ(cl, library(RNetLogo))
clusterExport(cl, 'sim3')

请注意，您不应该在您的rep.sim3函数中执行此操作，因为这将是低效且不必要的。在创建集群对象并sim3已定义后执行一次。

这种初始化是必要的，因为通过 启动的工作人员makeCluster对您的变量或函数或您的 R 会话一无所知。并且parLapply不会分析您传递给它的函数lapply。不同之处在于它lapply在本地 R 会话中执行，其中sim3定义并RNetLogo加载了包。 parLapply在尚未通过执行 R 脚本初始化的远程 R 会话中执行指定的函数。

于 2013-07-05T13:26:27.370 回答