r - 在 R 中管理大矩阵

Question

R - 我有一个双精度方阵 62589x62589，当我将矩阵保存到 Rdata 对象时，它是 28GB，这是一个疯狂的大小还是相对正常，有什么办法解决这个问题吗？

Answer 1

如果它是一个密集矩阵，那么您无能为力。该矩阵的存储要求大致为

6 * 6 * 10^4 * 10^4 * 8 字节 = 288 * 10^8 字节 = 28.8 GB。

8 个字节是 a 的大小double。您可以使用single值，这将大小减半。

对于稀疏矩阵，MatrixDouglas Bates 和 Martin Maechler 的包是你的朋友。

Answer 2

我会确保您已经研究过专为微阵列数据设计的 R 包。例如，Bioconductor 有用于微阵列的软件包 ( http://www.bioconductor.org/help/workflows/arrays/ )。当然还有其他人在那里。如果它们被设计用于处理类似的大型数据集，那么这些软件包可能已经解决了这个问题。