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我有一个看起来像这样的数据集:

region    expression    species/gene
reg1      4             humanA
reg1      5             humanB
reg1      4             ratA
reg1      6             ratB
reg2      3             humanA
reg2      5             humanB
reg2      8             ratA
reg2      2             ratB

在其中我想沿 x 轴绘制区域 1-n,并在 y 轴上绘制表达式值,按物种/基因的值进行颜色编码。我还想通过每个物种/基因组绘制趋势线,并在边缘显示 r 值。理想情况下,我会使用某种格式

ggplot(data, aes(x=xvar, y=yvar)) +
geom_point(shape=1) +    
geom_smooth(method=lm) +
geom_point(shape=19, alpha=1/4) 

但我太笨了,无法弄清楚如何将它与我的数据纠缠在一起。提前致谢!

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试试这个例如:

library(ggplot2)
ggplot(dat,aes(x=region,y=expression,
   group=species.gene,color=species.gene)) + 
  geom_line() 

在此处输入图像描述

于 2013-06-25T22:18:15.373 回答