1

我正在尝试生成 GOFrame 对象以在 R 中为不受支持的生物体生成基因本体映射（参见http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GOstats/inst/doc/GOstatsForUnsupportedOrganisms.pdf）。

但是，按照说明从字面上看对我没有帮助。这是我执行的代码（ubuntu koala 64 位上的 R 2.9.2）

library("AnnotationDbi")
library("org.Hs.eg.db")
frame = toTable(org.Hs.egGO)
goframeData = data.frame(frame$go_id, frame$Evidence, frame$gene_id)
goFrame = GOFrame(goframeData, organism = "Homo sapiens")

但是，当我尝试将我的数据框映射到 goFrame 对象时，我得到了这个错误

Error: could not find function "GOFrame"

我很确定 GOFrame 包装器在 AnnotationDBI 库中，所以我很困惑。任何帮助都非常感谢:-)

4

2 回答 2

2

我认为这是您的 R 版本。GOFrame 包装被描述为仅在最新版本之后才在 bioconductor AnnotationDBI 中得到支持。

我刚刚尝试过，它适用于 R 2.10.0

享受！

于 2009-11-12T12:53:02.087 回答
1

根据包描述，该Go.db包仅被建议而不是依赖。因此，一个简单的

 library(GO.db)

似乎是你需要做的。

于 2009-11-12T12:53:26.127 回答