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下面的代码绘制了来自混合效应模型的随机效应：

mtcarsSub <- mtcars[,c("wt", "drat", "cyl")]

library(lme4)
mtcarsME <- lmer(drat ~ (1|cyl) + wt, data=mtcarsSub)

mtcarsSub$fixed.effect <- predict(mtcarsME)

library(plyr)
l_ply(list(4, 6, 8), function(x) mtcarsSub[[ paste0("random.effect.cyl", x) ]] <<- mtcarsSub$fixed.effect + ranef(mtcarsME)$cyl[as.character(x),])

library(ggplot2)
ggplot(mtcarsSub, aes(wt, drat, color=factor(cyl))) + 
  geom_point() +
  geom_line(aes(wt, fixed.effect), color="black", size=2) +
  geom_line(aes(wt, random.effect.cyl4), size=2) +
  geom_line(aes(wt, random.effect.cyl6), size=2) +
  geom_line(aes(wt, random.effect.cyl8), size=2)

在此处输入图像描述

如何以编程方式使每个随机效果线的颜色与显示的颜色相同cyl？因此，第 4 级的随机效果线cyl应该是红色，第 6 级cyl应该是绿色，第 8 级cyl应该是蓝色。我不想color="red"在geom_line().

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1 回答 1

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我建议为随机效应制作新的数据框。为此，我使用函数ldply()和您创建的函数来计算每个级别的随机效应。此外，在这个新的数据框中添加了列wt和cyl. wt将包含为每个级别重复的数据框中的所有wt值。将包含值 4、6 和 8。mtcarsSubcyl

mt.rand<-ldply(list(4,6,8), function(x) data.frame(
  wt=mtcarsSub$wt,
  cyl=x,
  rand=mtcarsSub$fixed.effect + ranef(mtcarsME)$cyl[as.character(x),]))

geom_line()现在，在一次调用中使用新数据框进行绘图。由于新数据框也有cyl列，它将被分配颜色作为点。

ggplot(mtcarsSub, aes(wt, drat, color=factor(cyl))) + 
  geom_point() +
  geom_line(aes(wt, fixed.effect), color="black", size=2)+
  geom_line(data=mt.rand,aes(wt,rand),size=2)
于 2013-06-18T16:20:55.230 回答