我有一个包含几千个结构的 PDB 文件,我想将前十个结构的 α 碳的位置坐标保存到一个 numpy 数组中。我可以使用下面的代码将具有单个结构的 PDB 文件解析为数组,但不能将其扩展到具有许多结构的文件。
from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser
import numpy
pdb_filename ='./1fqy.pdb'
parser = PDBParser(PERMISSIVE=1)
structure = parser.get_structure("1fqy", pdb_filename)
model = structure[0]
chain = model["A"]
S1coor = numpy.zeros(shape=(226, 3))
i = 0
for residue1 in chain:
resnum = residue1.get_id()[1]
atom1 = residue1['CA']
S1coor[i] = atom1.get_coord()
i = i + 1