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我的数据如下所示：

 Name     Odds_Ratio_(log2)     p-value

 Ann          -1.80494           0.05
 Lucy          2.51017           0.1  
 Sally        -1.97779           0.01  
 ...

我想制作类似于图 B 或 C的图表。
在 y 轴上有 p 值，在 x 轴上有优势比（除以这样的垂直线）和绘制符号旁边的名称。我没有小数大小，因此无法在此处更改符号大小。
我该怎么做？
我真的希望有人能帮助我，因为我的 R 绘图知识让我只能像这样制作绘图： 

plot(data$V2,data$V3, main="Ratio", xlab="p-value",ylab="Odds ratio (Log2)")

图 B/C.

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您应该参考?plot、?abline和?text。也就是说，这是使用基本功能的一种方法。

d <- data.frame(Name=LETTERS, Odds_Ratio_log2=runif(26, -8, 8), 
                p_value=runif(26))
plot(d$Odds_Ratio_log2, d$p_value, pch=20, xlim=c(-8, 8), ylim=c(0, 1),
     axes=F, xlab='', ylab='', yaxs='i')
abline(v=0, lwd=3)
axis(3, lwd=3, at=seq(-8, 8, 1), cex.axis=0.8, lwd.ticks=1)
mtext('Odds (Log2)', 3, line=2.5)
text(d$Odds_Ratio_log2, d$p_value, d$Name, pos=4, cex=0.7)

在此处输入图像描述

更新：

我已经添加yaxs='i'到上面的plot调用中，因为除非我们这样做，否则顶轴截距略高于 y=1，可能给人一种 p 值较低的印象。

请注意，情节本身并没有“旋转” 。相反，我们使用 抑制轴 1 和 2（默认的 x 和 y 轴），axes=F而是绘制轴 3（顶部轴；参见?axis）。然后我们mtext用来绘制轴 3 的标签。要在绘图的左边缘绘制标签，您可以在函数中使用ylab参数（我设置为等于''）plot，或者使用mtext('p-value', 2).

或者，如果您希望中心垂直线具有对应于 y 值的刻度和标签，. 然后，用于segments添加刻度线，并text添加刻度标签，例如：

segments(-0.1, seq(0, 1, 0.1), 0, seq(0, 1, 0.1), lwd=2)
text(rep(0, 10), seq(0, 1, 0.1), seq(0, 1, 0.1), cex=0.7, pos=2)

最终结果将如下所示：

opar <- par(no.readonly = TRUE)
d <- data.frame(Name=LETTERS, Odds_Ratio_log2=runif(26, -8, 8), 
                p_value=runif(26))
plot(d$Odds_Ratio_log2, d$p_value, pch=20, xlim=c(-8, 8), ylim=c(0, 1),
     axes=F, xlab='', ylab='', yaxs='i', col='gray20')
abline(v=0, lwd=3)
axis(3, lwd=3, at=seq(-8, 8, 1), cex.axis=0.8, lwd.ticks=1)
mtext('Odds (Log2)', 3, line=2.5)
text(d$Odds_Ratio_log2, d$p_value, d$Name, pos=4, offset=0.3, cex=0.7)

par(xpd=NA)
segments(-0.1, seq(0.1, 0.9, 0.1), 0, seq(0.1, 0.9, 0.1), lwd=2)
text(rep(0, 10), seq(0.1, 0.9, 0.1), seq(0.1, 0.9, 0.1), 
     cex=0.7, pos=2, offset=0.3)
par(opar)

在此处输入图像描述

于 2013-06-16T15:14:46.973 回答