bioinformatics - Bowtie 背后的算法或要求？

Question

BOWTIE将测试读数映射到参考基因组。

基本上这是一个字符串比较。

参考字符串可以是由 ACT 和 G 组合而成的一百万个碱基对，也是测试读取，

现在将测试称为匹配、突变、SPM 不匹配、雪茄等​​的标准是什么

我从一个角度思考，如果我必须用我喜欢的语言写我的 BOWTIE，我需要遵循的测试阅读、参考基因组比较规则是什么。

Answer 1

Bowtie 有两种主要的对齐模式：-v 模式和 -n 模式。-v 模式不关心质量分数，而 -n 关心播种区域。Bowtie 要求您指定允许的最大不匹配数以及每个读取可以映射到的最大位置数。Bowtie2 考虑了差距。顺便说一句，读取不仅包含 ACGT，还包含 N。