我正在使用 Python，以前从未使用过它来绘制绘图，并且想知道是否有办法执行以下操作。我有一个文件，其中包含一个包含百分比（DNA 甲基化数据）的列。我想绘制分布频率（可能使用 10 个箱）来显示数据。有没有办法在python中做到这一点。
问问题
5241 次
2 回答
1
Matplotlib 是您想要探索的工具。这是一个很好的教程，尝试完成该教程中的示例。 http://bespokeblog.wordpress.com/2011/07/11/basic-data-plotting-with-matplotlib-part-3-histograms/
本教程包括在 ubuntu 中安装 matplotlib。如果您使用的是 windows，您应该从http://matplotlib.org/downloads.html下载安装程序
于 2013-05-24T21:55:32.100 回答
0
如果您的 RAW 甲基化数据以.idat文件的形式出现（Illumina 使用它），请查看methylpreppython 包（及其methylcheck用于绘图的相关包）。
对于甲基化数据，大多数人将样本绘制为beta distribution或m_value plot显示每个探针的甲基化百分比（但实际上是从 0 到 1 的分数，而不是实际百分比）。
使用将是这样的：
CLI: `python -m methylprep process -d <folder_path_of_idats> --all`
python:
>>>import methylcheck
>>>df = methylcheck.load(<path>) # creates a pandas dataframe of all samples in the folder you are in, or path specified.
>>>methylcheck.sample_plot(df)
下面的 jupyter notebook 中生成的绘图示例
于 2020-08-05T02:23:03.417 回答