在 R 中生成许多点的散点图时（ggplot()例如使用），可能有许多点在其他点之后并且根本不可见。例如看下图：
这是几十万点的散点图，但大部分都在其他点的后面。问题是在将输出转换为矢量文件（例如 PDF 文件）时，不可见点会使文件变得如此之大，并在查看文件时增加内存和 CPU 使用率。
一个简单的解决方案是将输出转换为位图图片（例如 TIFF 或 PNG），但它们会失去矢量质量并且尺寸可能更大。我尝试了一些在线 PDF 压缩器，但结果与我的原始文件大小相同。
有什么好的解决办法吗？例如某种过滤不可见点的方法，可能是在生成绘图期间或之后通过编辑 PDF 文件？
作为开始，您可以执行以下操作：
set.seed(42)
DF <- data.frame(x=x<-runif(1e6),y=x+rnorm(1e6,sd=0.1))
plot(y~x,data=DF,pch=".",cex=4)
PDF 大小：6334 KB
DF2 <- data.frame(x=round(DF$x,3),y=round(DF$y,3))
DF2 <- DF[!duplicated(DF2),]
nrow(DF2)
#[1] 373429
plot(y~x,data=DF2,pch=".",cex=4)
PDF 大小：2373 KB
通过四舍五入，您可以控制要删除的值的数量。您只需要修改它来处理不同的颜色。
简单地将绘图保存为高分辨率png文件将大大减少尺寸，同时保持质量足够好。至少我从来没有让期刊抱怨我发送给他们的任何 png，只要确保使用 > 600 dpi。
我认为这可能是通过对 pdf 文件进行一些后处理来完成的。在linux中，如果我必须减少pdf，我会这样做
pdf2ps input.pdf output.ps
ps2pdf output.ps output.pdf
出于某种原因，这非常有效。
您可以在https://askubuntu.com/questions/113544/how-to-reduce-pdf-filesize看到一些讨论。