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我有一个问题，当我尝试对一些基因表达数据进行 PCA 图时，我使用下面的代码来绘制它，但我想根据组织所属的类别制作不同的颜色。

data <- read.table("rmaFinal.txt", row.names=1, sep="\t",header=TRUE, dec=".")
pca <- prcomp(t(data), cor=TRUE)
plot(pca$x, pch=20)

我的数据格式为

      Tissue1 tissue2 tissue3
Gene1 1        2       3
Gene2 2        3       4
Gene3 3        4       5

我总共有 116 种不同的组织，它们总共可以分为 12 类。因此，我有一个这样的列表，其中包含 116 种组织类型中的每一种的类别。

category = c( "Seed","Seed","Seed","Stem","Seed","Seed","Seed","Mesocotyl","Spikelets")

我想根据给定样本所在的 12 个类别中的哪一个来为我的 PCA 图上色。我试图四处阅读，但我能找到的解决方案都没有为此工作。如何将类别列表与 PCA 图结合起来？

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你想做这样的事情吗？

library(FactoMineR)
iris.pca <- PCA(iris, quali.sup=5)
plot(iris.pca, habillage = 5, 
     col.hab = c("green", "blue", "red"), 
     title = "Dataset projected onto PC1-2 Subspace")

在此处输入图像描述

帽子提示：http ://benmabey.com/presentations/pca-tutorial/#34

于 2013-05-20T22:46:29.077 回答