r - R中的Mantel测试

Question

我正在尝试在R中对两个距离（地理距离和遗传距离）进行Mantel测试。

数据以 2 列形式保存在Excel文件中；每行有2个种群之间的地理距离和遗传距离。

我正在运行以下命令，由于某种原因返回错误

mantel.rtest(mydata$Dis, mydata$Fst, nrepet = 99)

错误信息如下：

Error in mantel.rtest(mydata$Time, mydata$Fst, nrepet = 99) : 
  Object of class 'dist' expected

将不胜感激任何反馈。

Answer 1

您必须将数据转换为 dist() 数据。dis.dist<-dist(mydata$Dis) 和 fst.dist<-dist(mydata$Fst) 然后使用 dist 值运行 mantel.rtest。