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我制作了一个散列散列，其中文件的所有行都根据它们的第 5 个字段的值排序到“主”散列的一个键中。

%Tiles有 n 个键，其中每个键是不同的$Tile_Number。

的每个元素的值%Tiles是对包含$Tile_Number当前哈希键编号的所有行的哈希哈希的引用。这些新键（行）中的每一个的值都只有 1。

$Tiles{$Tile_Number}{$Line}=1，其中$Tiles{$Tile_Number}有很多$Line=1条目。

我想$Tiles{$Tile_Number}在单独的文件中打印每个哈希，最好在创建$Tile_Number密钥时创建文件，并在添加每个新$Tiles{$Tile_Number}{$Line}=1的时打印，以节省内存。

最好的办法是不打印最终值 (1)，但我想我可以取消这个。

如何告诉 Perl 为“主”散列中的每个键打开一个新文件并打印其所有键？

代码：

use strict;
use warnings;


my ($Line) = "";
my (@Alignment_Line) = ();
my (%Tiles) = ();

my $Huge_BAM_File= $ARGV[0] or die $USAGE;

open(HUGE_BAM_FILE,"< $Huge_BAM_File") || die "Sorry I couldn't open the INPUT file:   $Huge_BAM_File !\n";

while(<HUGE_BAM_FILE>){

    ### Remove new line characters "\n"
    ### Split each line by "\t" and by ":" (for fields within READ ID FIELD)
    chomp;
    $Line = $_;
    @Alignment_Line = split(/\t+|\:/, $Line);

    my $Tile_Number = $Alignment_Line[4]


    ##########################################################
    ### Fill in hash of hashes %Tiles                      ###
    ### Key = $Tile_Number                                 ###
    ### Second key is $Line                    ###
    ### and is filled with a 1                     ###  
    ### Each key contains all the alignments with that tile### 
    ### number                                     ###
    ##########################################################

     $Tiles{$Tile_Number}{$Line} = 1;
     ##Here, I would like to write this new entry into the corresponding file, 
     and maybe remove it from the hash so the program doesn't run out of memory.
}

关闭（巨大的 BAM_FILE）；关闭（ALL_OUTPUTS_GENERATED）；

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我认为你应该有一个数组的散列，而不是一个散列的散列。然而，听起来你可以使用这个打印出你的哈希值

while (my ($tile, $lines) = each %Tiles) {
    open my $fh, '>', "$tile.txt" or die $!;
    print $fh $_ for keys %$lines;
}

请注意，这些行不会按照它们被读取的顺序排列。您将不得不为此使用数组。

我不清楚您在添加每一行并节省内存时打印的想法。您的意思是要打印每一行而不是将其添加到哈希中？也许您应该向我们展示您的完整代码。

更新

这是您可能喜欢的替代方案。它根本不存储文件中的数据。相反，它在读取时从每一行中提取图块编号，并写入与该编号对应的文件。

有一个文件句柄的散列，其中瓦片编号作为键，每次读取一行时都会检查哈希以查看是否已经存在该瓦片编号的文件句柄。如果没有，则在写入该行之前打开一个新的。

use strict;
use warnings;

my $USAGE;

my $bam_file = $ARGV[0] or die $USAGE;

open my $bam, '<', $bam_file"
    or die qq{Unable to open "$bam_file" for input: $!};

my %filehandles;

while (<$bam>) {
    chomp ($line = $_);
    my @fields = split /[\t:]/, $line;
    my $tile = $fields[4];
    unless ($filehandles{$tile}) {
      my $file = "$tile.txt";
      open $filehandles{$tile}, '>', $file
          or die qq{Unable to open "$file" for output: $!};
    }
    print $filehandles{$tile} $_;
}

while (my ($tile, $fh) = each %filehandles) {
  close $fh
      or warn qq{Unable to close file for tile number $tile: $!};
}
于 2013-05-06T15:29:50.903 回答