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我一直在使用Bio::DB::EntrezGene模块 fromBioPerl来检索给定数字 ID 的 Entrez 基因名称。

这工作了几个月，最近就在两周前。不过，最近它只返回一个错误。

（对我来说）最奇怪的是，即使我只是运行文档中的示例代码，也会发生这种情况。例如，如果我运行这个：

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;
use Bio::DB::EntrezGene;

my $db = Bio::DB::EntrezGene->new;

my $seqio = $db->get_Stream_by_id([2, 4693, 3064]); # Gene ids
    while ( my $seq = $seqio->next_seq ) {
            print "id is ", $seq->display_id, "\n";
    }

exit;

我明白了：

Replacement list is longer than search list at /Library/Perl/5.12/Bio/Range.pm line 251.
UNIVERSAL->import is deprecated and will be removed in a future perl at /Library/Perl/5.12/Bio/Tree/TreeFunctionsI.pm line 94
Data Error: none conforming data found on line 1 in /var/folders/2f/55z0d46n3l10bq650j6svgw89rmqw1/T/mkguvw1MOO/VR86iPUDSJ!
first 20 (or till end of input) characters including the non-conforming data:
::= {
  {
    track-
 at /Library/Perl/5.12/Bio/SeqIO/entrezgene.pm line 171

如果有人对可能发生的事情以及如何解决它有任何想法，将不胜感激。谢谢！

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您似乎在此模块所依赖的数据中有错误。这个文件夹里有什么？

/var/folders/2f/55z0d46n3l10bq650j6svgw89rmqw1/T/mkguvw1MOO/VR86iPUDSJ!

它是如何产生的？

更新

你可能很高兴知道我也犯了同样的错误。数据是从互联网上下载的，来源已损坏。我不知道该联系谁，但这就是问题所在。

于 2013-04-24T18:04:03.353 回答