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我在集群上运行 mpi。它适用于可执行文件以及 C 程序；所以我很确定它工作正常。但是，当我尝试安装 Rmpi​​ 时，出现错误。

建筑学：

  • Centos 6.4
  • MPICH 3.0.3（与 1.4 有同样的问题）。
  • R 2.15
  • 转速0.6-3

我尝试了不同的组合。具体来说，尝试从 R 内部运行 install.packages()，从命令行运行 R CMD INSTALL。我尝试了 sudo、su - 甚至安装到非特权的“私有”目录中（以防设置 LD_LIBRARY_PATH 搞砸了）。所以，这是我运行的一个例子：

export LD_LIBRARY_PATH=/opt/tmp/shared/mpich2-install/lib/
install.packages("Rmpi", configure.args = c("--with-Rmpi-include=/opt/tmp/shared/mpich2-install/include/", "--with-Rmpi-libpath=/opt/tmp/shared/mpich2-install/lib/", "--with-Rmpi-type=OPENMPI", "--with-mpi=/opt/tmp/shared/mpich2-install/"))

在每种情况下，我都会得到一致的错误：

gcc -m64 -std=gnu99 -shared -L/usr/local/lib64 -o Rmpi.so RegQuery.o Rmpi.o conversion.o internal.o -L/opt/tmp/shared/mpich2-install/lib/ -lmpi -L/usr/lib64/R/lib -lR
/usr/bin/ld: cannot find -lmpi
collect2: ld returned 1 exit status

请注意，如果我将 mpi-type 设置为 MPICH（而不是 OPENMPI），则会收到有关格式错误的错误。

我的想法用完了......有一个类似的帖子，但我的问题似乎不同。谢谢。

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1 回答 1

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显然，这是 MPICH 和 Rmpi​​ 之间已知的不兼容。我安装了 Open MPI，一切正常。也许，它也会帮助某人......

于 2013-04-25T21:30:40.693 回答