perl - 使用 Perl 将邻接矩阵转换为成对表格式

Question

我有一个看起来像这样的数据（邻接矩阵）：

foo bar 0.14 qux 0.2
bar foo 0.14 qux 0.4
qux foo 0.2 bar 0.4

我想要做的是将它们转换成成对表：

  foo bar 0.14
  foo qux 0.2
  bar qux 0.4

但我坚持使用以下代码。正确的方法是什么？

   use strict;

   while ( <DATA> ) {
        chomp;
        next if (/^>/);
        my $line = $_;
        my @els = split(/\s+/,$line);
        my $pivot = $els[0];

        my $genen = '';
        my $score = '';

        foreach  my $id ( 0 .. $#els  ) {
            next if ($id == 0);
            if ( $id % 2 != 0 ) {
                # gene name
                #print "$els[$id]\n";
                $genen = $els[$id];

            }
            else {
                #
                $score = $els[$id];
            }

    print "$pivot   $genen  $score\n";

        }

    #print "--\n";

    }
__DATA__
foo bar 0.3 qux 0.2
bar foo 0.15 qux 0.4
qux foo 0.3 bar 0.4

Answer 1

根据评论更新

这是一个简化版本，看起来更不言自明，而且更健壮一点：

#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;

sub transpose
{
    my $pivot =  shift || die "pivot required";
    while (my ($genen, $score) = (shift, shift))
    {
        last unless $score and $genen;
        print "$pivot   $genen  $score\n";
    }
}

for (<DATA>) {
    chomp;
    transpose(split /\s+/) unless m/^>/;
}
__DATA__
foo bar 0.3 qux 0.2
bar foo 0.15 qux 0.4
qux foo 0.3 bar 0.4

输出：

foo   bar  0.3
foo   qux  0.2
bar   foo  0.15
bar   qux  0.4
qux   foo  0.3
qux   bar  0.4

Answer 2

awk '{print $1,$2,$3} {print $1,$4,$5}' file