python - 使用 rpy2 从 python 获取 R 对象的一部分

Question

我可以使用 R 获得我需要的输出，但我无法在 python 的 rpy2 模块中重现。

在 R 中：

> wilcox.test(c(1,2,3), c(100,200,300), alternative = "less")$p.value

给

[1] 0.05

在蟒蛇中：

import rpy2.robjects as robjects
rwilcox = robjects.r['wilcox.test']
x = robjects.IntVector([1,2,3,])
y = robjects.IntVector([100,200,300])
z = rwilcox(x,y, alternative = "less")
print z

给出：

Wilcoxon rank sum test  
data:  1:3 and c(100L, 200L, 300L)  
W = 0, p-value = 0.05  
alternative hypothesis: true location shift is less than 0 

和：

z1 = z.rx('p.value')
print z1

给出：

$p.value  
[1] 0.05

仍在尝试将最终值 0.05 存储为变量，但这似乎更接近最终答案。

我无法弄清楚我的 python 代码需要将 p.value 存储在新变量中。

Answer 1

z1是一个ListVector包含FloatVector一个元素的元素：

>>> z1
<ListVector - Python:0x4173368 / R:0x36fa648>
[FloatVector]
  p.value: <class 'rpy2.robjects.vectors.FloatVector'>
  <FloatVector - Python:0x4173290 / R:0x35e6b38>
[0.050000]

z1[0][0]您可以使用或仅提取浮动本身float(z1[0])：

>>> z1[0][0]
0.05
>>> type(z1[0][0])
<type 'float'>
>>> float(z1[0])
0.05

一般来说，如果您只提供您想要表示的对象的名称，您将更容易弄清楚交互式会话中发生了什么。当交互式循环隐式使用的表示更有帮助时，使用print x语句可以转换事物。如果您在脚本中执行操作，请改用。str(x)repr(x)print repr(x)

Answer 2

只使用 list() 吗？

pval = z.rx2('p-value')
print list(pval) # [0.05]

rpy2 也适用于 numpy：

import numpy
pval = numpy.array(pval)
print pval       # array([ 0.05])

http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.3/html/numpy.html#from-rpy2-to-numpy