1

我有一个使用 MPI 的 C++ 程序，我希望每个进程（最多 32 个）写入文件。我正在使用一个小型测试数据集，该数据集由 100 个双打组成，均匀分布在各个流程中。到目前为止，输出的格式如下：

  data_sink.Write(&d_p[i], 1, MPI::DOUBLE);
  data_sink.Write(&space, 1, MPI::CHAR);
  data_sink.Write(&r_p[j], 1, MPI::DOUBLE);
  data_sink.Write(&new_line, 1, MPI::CHAR);

格式化此输出以便 GNUPlot 可以直接解释结果的最佳方法是什么？

4

1 回答 1

5

我假设这里data_sink是一个MPI::File. 足够的代码能够重现您的输出会很有帮助。

首先要知道的是 MPI-IO 例程以二进制输出；在每个值之后输出空格和换行符不会改变这一点。但要知道的另一件事是gnuplot 可以很好地读取二进制文件。所以这里有一个小的 MPI-IO 代码，它输出一个正弦波，每个进程获得整个域的 20 个点：

#include <mpi.h>
#include <cmath>

int main(int argc, char **argv) {

    int rank, size;
    const int nperrank = 20;
    double *data = new double[2*nperrank];

    MPI_Init(&argc,&argv);
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD,&size);
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD,&rank);

    int totnpts = nperrank * size;
    double dx = (2.*3.14159/totnpts);
    double left = rank * nperrank * dx;

    for (int i=0; i<nperrank; i++) {
        double x = left + dx*i;
        double sinx = sin(x);

        data[2*i] = x;
        data[2*i+1] = sinx;
    }

    MPI_File file;
    MPI_File_open(MPI_COMM_WORLD, "out.dat", MPI_MODE_WRONLY |  MPI_MODE_CREATE,
                    MPI_INFO_NULL, &file);

    MPI_Status status;
    MPI_File_write_at_all(file, 2*rank*nperrank*sizeof(double),
                            data, 2*nperrank, MPI_DOUBLE, &status);

    MPI_File_close(&file);

    MPI_Finalize();
    return 0;
}

这是运行它并绘制的输出：

$ mpicxx -o io io.cc
$ mpirun -np 4 ./io
$ gnuplot

    G N U P L O T
    Version 4.2 patchlevel 6
    [...]


Terminal type set to 'x11'
gnuplot> plot 'out.dat' binary format="%lf%lf" using 1:2 with linespoints
gnuplot>

在此处输入图像描述

于 2013-04-14T01:37:05.557 回答