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程序将从输入文件中顺序读取 DNA 数据，并在遇到外显子和内含子时将它们写到单独的文件中。发现的第一个外显子将写入 exon1.txt，发现的第二个外显子将写入 exon2.txt，依此类推……同样，发现的第一个内含子将写入 intron1.txt，发现的第二个内含子将是写入intron2.txt，以此类推……

外显子是一系列密码子，始终以密码子 ATG 开头并以下列密码子之一结尾：TAA、TGA 或 TAG。任何不以这些密码子开始或停止的序列都是内含子。在扫描数据以查找外显子和内含子时，仅向前扫描并寻找不重叠的外显子和内含子。如果遇到一个外显子起始符号 (ATG) 并且在遇到一个终止密码子之前遇到另一个 ATG，这并不意味着新的外显子已经开始。

我知道如何从文件中读取，并且我已经将它存储在一个全局数组中。数组更可取，我也可以使用字符串。

const int MAX_DNA = 50000;
char dnaData[MAX_DNA];


int readFromDNAFile(string fileName) {
 int returnValue = 0;

 ifstream fileHandle;
 fileHandle.open(fileName.c_str());

 if( fileHandle.good() ) {
  char nucleotide;
  int counter = 0;
  while( fileHandle >> nucleotide ) {
   dnaData[counter] = nucleotide;
   counter++;
  }
 returnValue = counter;

 }

 fileHandle.close();
 return returnValue;
}

我真的不知道如何实现下一步该做什么，我确定我必须使用一个循环来命名外显子和内含子的 txt 文件，然后另一个循环可能用于扫描和存储它..

void readFiles(string filename){
  for(int i = 0; i < numFiles; i++) {
       //ill open up the file here to read 
            for(int j = 0; j < numCodons; j++) {

任何努力将不胜感激，谢谢。

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2 回答 2

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"im sure i have to use a loop for naming the txt files for exons and introns"

你说你需要为内含子和外显子创建两个文件，所以你真的不需要循环。

int main(){
    ifstream dna("dna.txt");
    ofstream exons("exons.txt");
    ofstream introns("intron.txt");
    while(!dna.eof()){
        string current_line;
        dna >> current_line;
        //if (line belongs to exons){
        // exon1 << current_line  
        //}

        //else(belongs to introns){
        // introns << current_line
        //}
    }

    //close files
}

那不行吗？我不明白为什么需要将数据存储在数组中。

于 2013-04-13T07:43:16.263 回答
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如果我理解正确，除了外显子开始/结束密码子之外，您没有其他分隔符 - 即新行等不重要？

我猜你打算在处理过程中将数据存储在一个数组中，因为如果你开始一个外显子但没有完成它会算作一个内含子？

但是您不需要将所有数据存储在内存中 - 只需打开两个文件句柄即可。将一个留在当前外显子的开头，并使用另一个向前扫描。当你到达外显子的末尾时，你可以将它输出到它的文件中。内含子可以立即输出到其他文件。

于 2013-04-13T07:55:29.970 回答