r - R中的层次聚类默认行为？

Question

当您在 R 中执行以下聚类时：

> d <- dist(as.matrix(mtcars))
> hc <- hclust(d)   
> plot(hc)

你会得到一棵树，其节点的分支长度不相等。在普通的层次聚类（upgma）中，所有的长度都必须相等。有人可以解释一下 hclust 的默认行为，以及它如何产生不相等的长度吗？谢谢。

Answer 1

我也认为，这是一种奇怪的行为。但它不是由hclust而是plot.hclust相反引起的。如果您查看帮助 ( ? plot.hclust)，您会发现hang默认设置为 0.1 的参数：

标签应悬挂在绘图其余部分下方的绘图高度分数。负值将导致标签从 0 下垂。

因此，从 upgma 已知的行为可以通过

plot( hc, hang = -1 )

我猜这两种不同的行为是不同定义的结果，应该将高度分配给只包含一个观察的集群，即不与另一个合并。显然这里的定义是：它们根本没有高度。形式上，用 . 绘制它们是正确的hang = 0。但由于这看起来很难看，我猜这hang = 0.1是设置为默认值。

在任何情况下，你都会得到长度不等的分支hang >= 0。