java - 带有 bin/bash 的进程 exec 在 JAVA 中不起作用

Question

我正在尝试在 JAVA 中执行以下操作，但它对我不起作用：文件 opt 为空。程序：RNAfold 计算结构：从文件中读取：“seq”并写入文件“选择”结构。（当我从终端运行命令时它正在工作）

**程序创建文件：seq, opt

Runtime rt = Runtime.getRuntime();
Process pr1;
try {
   command = "home/ViennaRNA-2.0.7/Progs/RNAfold -T "+Double.toString(tempature)+" --noLP <seq> opt";

   pr1 = rt.exec(new String[] { "/bin/sh", "-c",command});

.............

有人看到代码有问题吗？

Answer 1

您是否正在检查错误流和退出代码？

stderr = pr1.getErrorStream (); 
brCleanUp = new BufferedReader (new InputStreamReader (stderr));
while ((line = brCleanUp.readLine ()) != null) {
  System.out.println ("[Stderr] " + line);
}

System.out.println ("Exit code: " + process.exitValue());

此外，请检查您的路径是否正确，并尽可能指定完整路径。没有前导斜杠的“home/ViennaRNA-2.0.7/Progs/RNAfold”看起来很奇怪，如果您的当前目录不是您所期望的，则可能是错误的。