perl - Bioperl 和 Samtools

Question

如何使用 Bioperl 运行“mpileup”？

尝试使用 Bio::Tools::Run::Samtools 运行 mpileup 时，我得到 'mpileup' 未注册。我究竟做错了什么？任何指向正确方向的指针表示赞赏......谢谢你们......

Answer 1

简短的回答是您无法mpileup使用 BioPerl-Run 运行，因为正如您的错误消息所述，该命令似乎没有被列为可用于 samtools 的命令。你可能想在 bioperl-listserv 上提出这个问题，希望有人会添加这个功能。