我有一个fasta文件和一个文本文件fasta文件包含fasta格式的序列,文本文件包含基因名称现在我想用文本文件中的基因名称替换fasta文件中“>”符号后的序列名称我是新来的perl 虽然我已经写了一个脚本,但我不知道为什么它不工作任何人都可以帮助我请以下是我的脚本:
print"Enter annotated file...";
$f1=<STDIN>;
print"Enter sequence file...";
$f2=<STDIN>;
open(FILE1,$f1) || die"Can't open $f1";
@annotfile=<FILE1>;
open(FILE2,$f2) || die"Can't open $f2";
@seqfile=<FILE2>;
@d=split('\t',@annotfile[0]);
for($i=0;$i<scalar(@annotfile);$i++)
{
@curr_all=split('\t',@annotfile[$i]);
@curr_id[$i]=@curr_all[0];
@gene_nm[$i]=@curr_all[1];
}
for($j=0;$j<scalar(@seqfile);$j++)
{
$id=@curr_id[$j];
$gene=@gene_nm[$j];
@seqfile[$j]=~s/$id[$j]/$gene[$j]/g;
print @seqfile[$j];
}
我的文件如下所示:
注释.txt
pool75_contig_389 泛素连接酶 e3a
pool75_contig_704 肿瘤易感性
pool75_contig_1977 丝氨酸苏氨酸蛋白磷酸酶 4 催化亚基
pool75_contig_3064 bardet-biedl 综合征 2 蛋白 P
pool75_contig_2499 琥珀酰连接酶
goat300.fasta
goat300.fasta
>pool75_contig_704
CCCTTTCTCCCTTCCCAACATTCAGAGATACTGAATCGAAACTCTTACTGTCTGTTAGAT
GACAAAGAGTTATCCATCCTACATACTCCAATTTCCTTCCGCAACTTGTGATTTCGCCGC
TTGAATCTTGACGCCGTGCGTCCACAGTTTGTTGTGTTTTATCAATCAAGGTCATTATCA
ACCGAAGACGCTATCTATTTTCTTGGCGAAGCTCTCGGAAAGGAGCCATCGAAATGGAAG
TATTTCTCAAGAAAGTCCGCGAGTTATCCCGGAAGCAGTTC
>pool75_contig_389
GACCTATACCGGACCGTCACTGAAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
ACGATCCAGGCATGGAGTTGTGGTGACGAGTAGGAGGGTCACCGTGGTGAGCGGGAAGCC
TCGGGCGTGAGCCTGGGTGGAGCCGCCACGGGTGCAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAATAT
TCAAGTGAGAACCTTGAAGGCCGAGGTGGAGAAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATTTGTAT
CGCCCGGAAAACGTCACAAGAACGGGAGTTGCGTACAGAA
>pool75_contig_1977
AAGGGACACCGTTGGGTGAGGCGAGCTGCGTTCCTCGAACCATGGCTTCAAAAAGCGACT
TAGACCGTCAGATTGAACAGCTCAGGGCCTGCAAGCTCATTACAGAGGATGAGGTTAAGG
CACTCTGCGCTAAGGCGCGTGAGATTTTAATTGAAGAGAGTAATGTCCAGTGCGTGGACT
CACCTGTCACGGTTTGTGGCGATATCCACGGCCAGTTTTACGACTTGATTGAACTGTTTA
AAGTGGGCGGAGATGTTC
>pool75_contig_3064
TTACTATTTCTGGGCCTTAAGACTGGCTTAGTCGCTTACGACCCTTATAACAATGTAGAT
GTATATTATAAGGATCTTCCTGATGGTGCTAACGCTATGTTAATTTATTCAAACTCACCG
ACAAAGGAACAGAATATGCTTTGGCAGGTGGAAACTGTTCGATAATTGGATTGAACGACG
GCGGATGCGAGGTATTTTGGACAGTCACTGGCGACTCCGTTTGCTCTCTTTGCTCGATTA
AATCCGACAGCGATAAGTCAAGAGATTTTGTGGTTGGCTCTGAAGATTTTGACATCCGAA
TCTTCCATGGGGATGCCATAATATATGAAATCACGGAGTCTGATG
>pool75_contig_2499
AAGAGAAGAGGTGAGTTTGAGTATTGTTTGTGTGTGTGTGGTTGGGTGAGTGTGTGGTAT
GTGGTGTATGTGTGTGATGAATGTATGTGAAAGAGAGTGATGAATCTCATGGATATGTTC
GAGTTCGTGGTTTCCATTGATCGGTTATAGCCGAGATGATGGATGTGTTCCATGTGTCTG
ATTTCAGTTTAGGATTGTGTTGATGATGTTGATGATGAAAATTGTTGATGGTGATGACGA
TAGTGATGATGATGACGATGTTTCGGATAATGGTGATGATGATGATGGTTCCGACGATGA
TGTTTCGCTTGATGATGGTGATAATGATGACTCCGAAAATAACGTTGACTCGGATGAG