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我正在尝试使用水平线制作绘图，其中 data2 和 data3 点应在 data1 范围内。这将给出不同颜色的重叠线，但我收到一条错误消息：

Error in strsplit(filename, "\\.") : non-character argument

这是数据和代码。请给我一些建议。

 data1 <- data.frame(Start=c(10),End=c(19))

 data2 <- data.frame(Start=c(5),End=c(15))

 data3 <- data.frame(Start=c(6),End=c(18))

 filter_data2 <- data2[data2$Start >= (data1$Start-(data1$Start/2)) & data2$End <= (data1$End+(data1$End/2)), ]

 filter_data3 <- data3[data3$Start >= (data1$Start-(data1$Start/2)) & data3$End <= (data1$End+(data1$End/2)), ]

 data1 <- data.frame(rep(1,nrow(data1)),data1)

 colnames(data1) <- c("ID","start","end")   

 data2 <- data.frame(rep(2,nrow(filter_data2)),filter_data2)

 colnames(data2) <- c("ID","start","end")

 data3 <- data.frame(rep(3,nrow(filter_data3)),filter_data3)

 colnames(data3) <- c("ID","start","end")

 dat1 <- rbind(data1,data2,data3)

 pdf("overlap.pdf")

 p <- ggplot(dat1, aes(x=(max(start)-max(start)/2), y = ID, colour=ID)) 
 p <- p + geom_segment(aes(xend =(max(end)+max(end)/2), ystart = ID, yend = ID))
 p <- p + scale_colour_brewer(palette = "Set1")

 ggsave(p)
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您的代码中有两个问题。如果要使用scale_colour_brewer()，则应将 ID 值设置为因子

p <- ggplot(dat1, aes(x=(max(start)-max(start)/2), y = ID, colour=as.factor(ID)))

接下来，要保存 ggplot2 图，您有两种可能性。

使用ggsave()函数，您应该提供文件名和格式。在这种情况下，函数pdf()是不必要的。

 ggsave(plot=p,file="plot.pdf")

使用函数pdf()，你应该添加print(p)然后dev.off()。在这种情况下，您不需要ggsave()功能。

pdf("overlap.pdf")
print(p)
dev.off()
于 2013-03-21T14:12:03.640 回答