我希望这并不像感觉的那么简单。我有一个基本目录设置：
root --> Paper
--> Code
对于我正在写的一篇论文。我想从 Paper 目录中的 knitr 文档中调用 Code 目录中的 Python 脚本（类似这样，但使用 Python 而不是 R）。所以它会是这样的：
Python 脚本 testit.py
## @knitr testit
import os
print os.getcwd()
knitr文件test.Rnw保存在Code目录下：
\documentclass{article}
\begin{document}
<<setup,echo=FALSE>>=
read_chunk("testit.py")
@
<<testit,engine='python'>>=
@
\end{document}
当我编译成 PDF 时，答案是正确的：
## /Users/blah/foo/bar/Code
但是文件 test-2.Rnw 保存在 Paper 目录中：
\documentclass{article}
\begin{document}
<<setup,echo=FALSE>>=
opts_knit$set(root.dir="../Code/")
read_chunk("../Code/testit.py")
@
<<testit,engine='python'>>=
@
\end{document}
输出：
## /Users/blah/foo/bar/Paper
root.dir 在这里没有明显的效果，就像它对 R 块一样，我不知道还有什么可以尝试更改 Python 块的目录。这是一个问题，因为我希望python脚本对Code目录中的文件进行操作，但是它当然找不到它们。我可以在 python 脚本中对目录更改进行硬编码，但这似乎很脆弱。我什至很乐意将根目录作为脚本的参数直接传递给 python 解释器，这可能吗（但我不这么认为，因为 knitr 使用 python -c ？）。关于如何处理这个问题的任何想法？我的 google-fu 在这里让我失望了……