我一直在用 spp 处理一些 ChIP-seq 数据。我浏览了文献，似乎 spp 被认为是一个很好的程序（ENCODE 使用它）。我找到并改编了我找到的使用 spp 的两个教程，https ://sites.google.com/a/brown.edu/bioinformatics-in-biomed/spp-r-from-chip-seq和http:// compbio.med.harvard.edu/Supplements/ChIP-seq/tutorial.html我还阅读了论文...ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19029915。我还给 Karchencko 教授发了电子邮件，并在 bioconductor listserv 上发了帖子——都没有任何回应。我的问题是关于 MSER 和预测的测序深度 - spp 的附加输出。那么我认为MSER是什么，是权威确定峰值的得分值吗？当我查看高于该分值的峰值时，它们的定义非常明确。此外，预测的测序深度是否是对额外“标签”数量的预测，以便 MSER 和 FDR 值一致？很难找到有关该程序的体面信息。非常感谢任何建议或其他信息！
TIA