1

我用 Python v3.3 编写了一个程序，它依次打开文件列表并使用每个文件中的数据执行操作。但是，由于某种原因，程序在打开文件时始终忽略列表中最后一个文件的最后一行。之前的所有文件都可以正常读取。这些文件本身具有相同的格式，并且列表中的最后一个文件中没有其他所有其他文件中都不存在的额外空格或换行符。

代码如下：

counter3=0
for counter3 in range(counter3,numSteps):
# open up each step in the list of steps across the chromosomal segment:
    L=shlex.shlex(stepFileIndex[counter3],posix=True)
    L.whitespace += '\t'
    L.whitespace_split = True
    L=list(L)
    #print(L)
    stepNumber = int(L[0])
    stepStart = int(L[1])
    stepStop = int(L[2])
    stepSize = int(stepStop-(stepStart-1))
#Now open the file of SNPs corresponding with the window in question and convert it into a list:
    currentStepFile = open(("C:/Users/gwilymh/Desktop/Python/Sliding Window Analyses-2/%s_%s_step_%s.txt")%(str(segmentNumber),str(segmentName),str(counter3+1)),'r')
    currentStepFile = list(currentStepFile)
    nSNPsInCurrentStepFile = len(currentStepFile)
    print("number of SNPs in this step is:", nSNPsInCurrentStepFile)
    print(currentStepFile)

列表中的最后两个文件如下：

1_segment1_step_7.txt
['1503', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'C']
['1505', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'G']

1_segment1_step_8.txt
['1950', 'G', 'G', 'G', 'C', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G']
['1967', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'G']
4

1 回答 1

0

脚本运行时是否正在写入文件？

除了悬空的文件句柄和可能应该清空的缓冲区之外，f.close()或者f.flush()我在代码中看不到任何错误。

但是，您可以通过不使用list(filehandle)而是用for循环替换它来改进您的代码。正如您可能从评论中注意到的那样，这不是一种常见的方式。

此外，因为您替换了指向 filehandle 的变量currentStepFile，您的代码将不得不等待垃圾收集将其关闭。

如果您还在代码的其他地方执行此操作，则很可能是将来出现此问题或其他问题的原因。

于 2013-03-04T21:01:36.860 回答