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我正在尝试拟合 CCD 上的光谱仪检测到的线轮廓。为了便于考虑，我提供了一个演示，如果解决了，它与我实际想要解决的非常相似。

我看过这个： https ://stats.stackexchange.com/questions/46626/fitting-model-for-two-normal-distributions-in-pymc 和其他各种问题和答案，但他们正在做一些根本不同的事情比我想做的。

import pymc as mc
import numpy as np
import pylab as pl
def GaussFunc(x, amplitude, centroid, sigma):
    return amplitude * np.exp(-0.5 * ((x - centroid) / sigma)**2)

wavelength = np.arange(5000, 5050, 0.02)

# Profile 1
centroid_one = 5025.0
sigma_one = 2.2
height_one = 0.8
profile1 = GaussFunc(wavelength, height_one, centroid_one, sigma_one, )

# Profile 2
centroid_two = 5027.0
sigma_two = 1.2
height_two = 0.5
profile2 = GaussFunc(wavelength, height_two, centroid_two, sigma_two, )

# Measured values
noise = np.random.normal(0.0, 0.02, len(wavelength))
combined = profile1 + profile2 + noise

# If you want to plot what this looks like
pl.plot(wavelength, combined, label="Measured")
pl.plot(wavelength, profile1, color='red', linestyle='dashed', label="1")
pl.plot(wavelength, profile2, color='green', linestyle='dashed', label="2")
pl.title("Feature One and Two")
pl.legend()

真实值和测量值图

我的问题： PyMC（或一些变体）可以给我上面使用的两个组件的平均值、幅度和 sigma 吗？

请注意，我真正适合我真正问题的函数不是高斯函数——所以请提供使用通用函数的示例（如我的示例中的 GaussFunc），而不是“内置” pymc.Normal() 类型功能。

此外，我了解模型选择是另一个问题：因此，对于当前的噪声，1 个组件（配置文件）可能是统计上合理的。但我想看看 1、2、3 等组件的最佳解决方案是什么。

我也不赞同使用 PyMC 的想法——如果 scikit-learn、astroML 或其他一些包看起来很完美，请告诉我！

编辑：

我在很多方面都失败了，但我认为正确的事情之一是：

sigma_mc_one = mc.Uniform('sig', 0.01, 6.5)
height_mc_one = mc.Uniform('height', 0.1, 2.5)
centroid_mc_one = mc.Uniform('cen', 5015., 5040.)

但我无法构建一个有效的 mc.model。

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不是最简洁的 PyMC 代码，但我做出这个决定是为了帮助读者。这应该运行，并给出（真正）准确的结果。

我决定使用具有自由范围的统一先验，因为我真的不知道我们在建模什么。但可能有人对质心位置有所了解，并且可以在那里使用更好的先验。

### Suggested one runs the above code first.
### Unknowns we are interested in


est_centroid_one = mc.Uniform("est_centroid_one", 5000, 5050 )
est_centroid_two = mc.Uniform("est_centroid_two", 5000, 5050 )

est_sigma_one = mc.Uniform( "est_sigma_one", 0, 5 )
est_sigma_two = mc.Uniform( "est_sigma_two", 0, 5 )

est_height_one = mc.Uniform( "est_height_one", 0, 5 ) 
est_height_two = mc.Uniform( "est_height_two", 0, 5 ) 

#std deviation of the noise, converted to precision by tau = 1/sigma**2
precision= 1./mc.Uniform("std", 0, 1)**2

#Set up the model's relationships.

@mc.deterministic( trace = False) 
def est_profile_1(x = wavelength, centroid = est_centroid_one, sigma = est_sigma_one, height= est_height_one):
    return GaussFunc( x, height, centroid, sigma )


@mc.deterministic( trace = False) 
def est_profile_2(x = wavelength, centroid = est_centroid_two, sigma = est_sigma_two, height= est_height_two):
    return GaussFunc( x, height, centroid, sigma )


@mc.deterministic( trace = False )
def mean( profile_1 = est_profile_1, profile_2 = est_profile_2 ):
    return profile_1 + profile_2


observations = mc.Normal("obs", mean, precision, value = combined, observed = True)


model = mc.Model([est_centroid_one, 
              est_centroid_two, 
                est_height_one,
                est_height_two,
                est_sigma_one,
                est_sigma_two,
                precision])

#always a good idea to MAP it prior to MCMC, so as to start with good initial values
map_ = mc.MAP( model )
map_.fit()

mcmc = mc.MCMC( model )
mcmc.sample( 50000,40000 ) #try running for longer if not happy with convergence.

重要的

请记住，该算法与标签无关，因此结果可能会显示profile1所有特征，profile2反之亦然。

于 2013-03-03T19:58:11.023 回答