-4

我的 PHP 代码包含很多 foreach 循环，结果绝对是灾难性的。运行时间太长了。

有没有替代方案。我愿意接受所有建议。

我在想可能正在实现一个基于 Flash 的客户端并使用 actionscript 来利用客户端的 CPU 来运行逻辑。

或者有没有办法使用 C/C++ 来处理服务器本身的计算要求高的部分并返回 PHP 结果。

以下函数被调用 1,000,000 次。

public function performEnrichmentAnalysis($geneSet) {
    /**
     * $mainArray is a multi dimentional array.
     * EntrezID | Set (0/1) | pValue | rank
     */
    $mainArray = array();
    $finalArray = array();
    $originalGenesScore = 0;
    $randomGenesScore = 0;
    $u = 0;
    $EntrezID = array();
    $Set = array();
    $pValue = array();
    $Rank = array();
    $originalGenes = $geneSet->getGenes();
    $memeberCount = $geneSet->getGeneCount();
    $randomGenes = $this->geneExpressionData->getRandomGenes($memeberCount);
    /**
     * Copy the elements of original and random gene sets to main array.
     */
    foreach ($originalGenes as $key => $value) {
        $pVal = $this->geneExpressionData->getExpressionValue($value);
        $array = array('EntrezID' => $value, 'Set' => 0, 'pValue' => $pVal, 'Rank' => 999);
        array_push($mainArray, $array);
        unset($array);
    }
    foreach ($randomGenes as $key => $value) {
        $pVal = $this->geneExpressionData->getExpressionValue($value);
        $array = array('EntrezID' => $value, 'Set' => 1, 'pValue' => $pVal, 'Rank' => 999);
        array_push($mainArray, $array);
        unset($array);
    }
    /**
     * sort the multi dimentaional array based on p-values
     */
    foreach ($mainArray as $key => $row) {
        $EntrezID[$key] = $row['EntrezID'];
        $Set[$key] = $row['Set'];
        $pValue[$key] = $row['pValue'];
        $Rank[$key] = $row['Rank'];
    }
    array_multisort($pValue, SORT_ASC, $mainArray);

    /**
     * Assign ranks to the genes
     */
    for ($index = 0; $index < count($mainArray); $index++) {
        $row = $mainArray[$index];
        $row['Rank'] = $index + 1;
        $row['Score'] = 0;
        //print_r($row['Rank']);
        array_push($finalArray, $row);
    }

    /**
     * Calculate scores for each gene
     */
    for ($i = 0; $i < count($finalArray); $i++) {
        for ($j = $i + 1; $j < count($finalArray); $j++) {
            if ($finalArray[$j]['Set'] != $finalArray[$i]['Set']) {
                $finalArray[$i]['Score']++;
            }
        }
    }

    /**
     * Calculate score for the entire set and get universal U and z score.
     */
    for ($counter = 0; $counter < count($finalArray); $counter++) {
        if ($finalArray[$counter]['Set'] == 0) {
            $originalGenesScore += $finalArray[$counter]['Score'];
        }
        if ($finalArray[$counter]['Set'] == 1) {
            $randomGenesScore += $finalArray[$counter]['Score'];
        }
    }

    if ($originalGenesScore > $randomGenesScore) {
        $u = $randomGenesScore;
    } else {
        $u = $originalGenesScore;
    }

    $zNumerator = $u - (($memeberCount * $memeberCount) / (2));
    $zDenominatorSquared = ($memeberCount * $memeberCount * ($memeberCount + $memeberCount + 1)) / 12;

    $z = $zNumerator / sqrt($zDenominatorSquared);

    if (abs($z) > 2.303) {
        $this->temp001++;
    } elseif (abs($z) > 1.605) {
        $this->temp005++;
    } else {
        $this->tempRemaining++;
    }
}
4

1 回答 1

2

嗯，这不是一个可以轻易回答的问题。是的，假设你知道 C++，代码可以用 C++ 重写。我认为这没有任何重大障碍。

您必须想出一种方法将您的原始geneSet代码转换为 C++ 代码，然后构建一个结构来表示您$mainArray和其他 . 用于std::vector您的阵列。

由于此代码本身实际上并不生成任何 Web 内容，因此您可以很容易地用调用安装在服务器上的 C++ 程序替换该函数。我建议你实际上在 C++ 中实现 CALLS 这个函数的功能，因为如果这被调用了 1M 次，那么你最好在 C++ 中进行 1M 次调用，而不是调用一段 C++ 代码 1M 次。

于 2013-03-02T23:42:11.957 回答