r - 在R中并排显示相同pdf中的两个热图

Question

我正在尝试在同一个 png 或 pdf 中并排显示两个或多个热图。布局或 mfcol 在这种情况下不起作用。有人可以帮我解决这个问题。

Answer 1

这是使用最近引入的 gridGraphics 包的一个选项，

library(gridGraphics)
library(grid)
heatmap(as.matrix(mtcars))

library(gridGraphics)
grab_grob <- function(){
  grid.echo()
  grid.grab()
}

g <- grab_grob()
grid.newpage()

# library(gridExtra)
# grid.arrange(g,g, ncol=2, clip=TRUE)

lay <- grid.layout(nrow = 1, ncol=2)
pushViewport(viewport(layout = lay))
grid.draw(editGrob(g, vp=viewport(layout.pos.row = 1, 
                                  layout.pos.col = 1, clip=TRUE)))
grid.draw(editGrob(g, vp=viewport(layout.pos.row = 1, 
                                  layout.pos.col = 2, clip=TRUE)))
upViewport(1)

Answer 2

如 heatmap.2 的帮助文档中所述，

'heatmap.2()' 使用 'layout' 并在 2x2 布局的右下角绘制 'image'。因此，它不能在多列/行布局中使用，即，当'par(mfrow= *)' 或'(mfcol= *)' 已被调用时。

热图也是如此。

Answer 3

这是一种方法。这很hacky，但我认为当一个函数没有做你想做的事情时，最好的解决方案就是让它去做。
函数heatmap.2在其代码的中间包含以下三行：

...
op <- par(no.readonly = TRUE)
on.exit(par(op))
layout(lmat, widths = lwid, heights = lhei, respect = FALSE)
...

正是因为它们，您无法使用它们，layout并且par(mar=...)它会覆盖它。将 heatmap.2 的代码复制到一个新函数中（比如heatmap.3）并删除这三行：

heatmap.3 <- function(... #etc etc with the exact same code minus those 3 lines

然后，您并排生成两个热图的代码将是，例如：

layout(rbind(c(4,3,8,7),c(2,1,6,5)), 
       widths = c(1,2,1,2), heights = c(1,2), respect = FALSE)
heatmap.3(x)
heatmap.3(y)

准备布局时，请记住热图代码首先绘制热图本身，然后是“行”树状图，然后是“列”树状图，最后是直方图，因此从上到下、从左到右的顺序是 4、3、2 , 1 表示当两个热图并排时，它变为 4、3、8、7、2、1、6、5。

Answer 4

在遇到完全相同的问题后，我想出了以下解决方案：

1) 使用 ggplot2 用树状图制作热图，如下所示：Reproduce lattice dendrogram graph with ggplot2然后用 multiplot() 函数排列它（http://www.cookbook-r.com/Graphs/Multiple_graphs_on_one_page_%28ggplot2%29/）

2）但是，这是很多工作，我想坚持使用基本的 heatmap() 函数。如果您安装了 imagemagick，以下内容很简单（尽管不是普通的 R）并且可以在 Linux 上运行：

m <- matrix(runif(10^2), ncol=10)
for (i1 in 1:4) {
    ifile <- paste0(i1,'_heatmap.pdf')
    pdf(ifile)
    heatmap(m)
    d <- dev.off()
}
system('montage -geometry 100% -tile 2x2 ./*_heatmap.pdf outfile.pdf')