我有以下问题;两个目录包含:
- dir1:文件列表,如下所示:
文件1.fq 文件2.fq 文件3.fq
等等..
- dir2:文件列表,如下所示:
文件 1.fq.sa 文件 2.fq.sa 文件 3.fq.sa
我要做的是运行一个同时使用 file1.fq 和 file1.fq.sa 的命令。
我尝试了以下循环:
fq=dir1/*
sa=dir2/*
for fqfiles in $fq;
do
for sa_files in $sa;
do
mycommand ${sa_files} ${fqfiles} > ${sa_files}.cc &
done
done
问题是我的循环执行以下操作:
mycommand file1.fq.sa file1.fq > file1.fq.sa.cc #correct
但是也
mycommand file1.fq.sa file2.fq > file1.fq.sa.cc #wrong!
等等……在一个几乎无限的循环中!
我希望我的循环可以产生类似的东西:
mycommand file1.fq.sa file1.fq > file1.fq.sa.cc
mycommand file2.fq.sa file2.fq > file2.fq.sa.cc
mycommand file3.fq.sa file3.fq > file3.fq.sa.cc
ETC...
请你帮助我好吗?
谢谢!
法比奥