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我需要绘制几个定义为的数据点

c（x，y，stdev_x，stdev_y）

作为散点图，表示其 95% 置信限，例如显示该点及其周围的一个轮廓。理想情况下，我想在该点周围绘制椭圆形，但不知道该怎么做。我正在考虑构建样本并绘制它们，添加 stat_density2d() 但需要将轮廓数限制为 1，并且无法弄清楚如何做到这一点。

require(ggplot2)
n=10000
d <- data.frame(id=rep("A", n),
                se=rnorm(n, 0.18,0.02), 
                sp=rnorm(n, 0.79,0.06) )
g <- ggplot (d, aes(se,sp)) +
  scale_x_continuous(limits=c(0,1))+
  scale_y_continuous(limits=c(0,1)) +
  theme(aspect.ratio=0.6)
g + geom_point(alpha=I(1/50)) +
  stat_density2d()
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首先，将所有绘图保存为对象（更改限制）。

g <- ggplot (d, aes(se,sp, group=id)) +
  scale_x_continuous(limits=c(0,0.5))+
  scale_y_continuous(limits=c(0.5,1)) +
  theme(aspect.ratio=0.6) + 
  geom_point(alpha=I(1/50)) +
  stat_density2d()

使用功能ggplot_build()保存用于绘图的所有信息。轮廓存储在 object 中data[[2]]。

gg<-ggplot_build(g)
str(gg$data)
head(gg$data[[2]])
  level         x         y piece group PANEL
1    10 0.1363636 0.7390318     1   1-1     1
2    10 0.1355521 0.7424242     1   1-1     1
3    10 0.1347814 0.7474747     1   1-1     1
4    10 0.1343692 0.7525253     1   1-1     1
5    10 0.1340186 0.7575758     1   1-1     1
6    10 0.1336037 0.7626263     1   1-1     1

总共有 12 条等高线，但要只保留外线，您应该只设置子集group=="1-1"并替换原始信息。

gg$data[[2]]<-subset(gg$data[[2]],group=="1-1")

然后使用ggplot_gtable()andgrid.draw()得到你的情节。

p1<-ggplot_gtable(gg)
grid.draw(p1)

在此处输入图像描述

于 2013-02-25T20:33:19.340 回答
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latticeExtra提供panel.ellipse是一个格子面板函数，它从可能由第三个变量分组的双变量数据中计算和绘制置信椭球。

在这里，我根据您的数据绘制了 0.65 和 0.95 的水平。

library(latticeExtra)
xyplot(sp~se,data=d,groups=id,
       par.settings = list(plot.symbol = list(cex = 1.1, pch=16)),
       panel = function(x,y,...){
         panel.xyplot(x, y,alpha=0.2)
         panel.ellipse(x, y, lwd = 2, col="green", robust=FALSE,  level=0.65,...)
         panel.ellipse(x, y, lwd = 2, col="red", robust=TRUE,  level=0.95,...)

       })

在此处输入图像描述

于 2013-02-25T21:33:50.803 回答
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看起来stat_ellipse您找到的功能确实是一个很好的解决方案，但这是另一个（非 ggplot），仅用于记录，dataEllipse从car包中使用。

# some sample data
n=10000
g=4
d <- data.frame(ID = unlist(lapply(letters[1:g], function(x) rep(x, n/g))))
d$x <- unlist(lapply(1:g, function(i) rnorm(n/g, runif(1)*i^2))) 
d$y <- unlist(lapply(1:g, function(i) rnorm(n/g, runif(1)*i^2))) 

# plot points with 95% normal-probability contour
# default settings...
library(car)
with(d, dataEllipse(x, y, ID, level=0.95, fill=TRUE, fill.alpha=0.1))

在此处输入图像描述

# with a little more effort...
# random colours with alpha-blending
d$col <- unlist(lapply(1:g, function (x) rep(rgb(runif(1), runif(1), runif(1), runif(1)),n/g)))
# plot points first
with(d, plot(x,y, col=col, pch="."))
# then ellipses over the top
with(d, dataEllipse(x, y, ID, level=0.95, fill=TRUE, fill.alpha=0.1, plot.points=FALSE, add=TRUE,  col=unique(col), ellipse.label=FALSE, center.pch="+"))

在此处输入图像描述

于 2013-02-26T09:48:18.823 回答
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刚刚在stat_ellipse() 这里（和这里）找到了这个功能，它可以很好地处理这个问题。

g + geom_point(alpha=I(1/10))  +
  stat_ellipse(aes(group=id), color="black")

不同的数据集，当然：

于 2013-02-26T00:34:52.543 回答
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我对 ggplot2 库一无所知，但您可以使用 plotrix 绘制椭圆。这个情节看起来像你要求的吗？

library(plotrix)
n=10
d <- data.frame(x=runif(n,0,2),y=runif(n,0,2),seX=runif(n,0,0.1),seY=runif(n,0,0.1))
plot(d$x,d$y,pch=16,ylim=c(0,2),xlim=c(0,2))
draw.ellipse(d$x,d$y,d$seX,d$seY)
于 2013-02-25T20:23:19.393 回答