python - 将 rpy2 与 IPython 笔记本一起使用？

Question

是否可以将 rpy2（调用 ggplot2）与 IPython 笔记本一起使用，然后保存它们（并像其他笔记本一样在 NBViewer 上共享http://nbviewer.ipython.org/）？让 rpy2 ggplots 出现在笔记本中和/或以交互方式出现有什么挑战吗？如果有人可以提供一个示例会话及其在 IPython 中使用 rpy2 在笔记本中制作 ggplot2 图形的输出，那将会很有帮助。

Answer 1

这是在没有查看 rmagic 代码的情况下编写的。他们有更聪明的方法（我有 11 行代码）。

import uuid
from rpy2.robjects.packages import importr 
from IPython.core.display import Image

grdevices = importr('grDevices')
def ggplot_notebook(gg, width = 800, height = 600):
    fn = '{uuid}.png'.format(uuid = uuid.uuid4())
    grdevices.png(fn, width = width, height = height)
    gg.plot()
    grdevices.dev_off()
    return Image(filename=fn)

尝试一下：

from rpy2.robjects.lib import ggplot2
from rpy2.robjects import Formula
datasets = importr('datasets')
mtcars = datasets.__rdata__.fetch('mtcars')['mtcars']
p = ggplot2.ggplot(mtcars) + \
    ggplot2.aes_string(x='mpg', y='cyl') + \
    ggplot2.geom_point() + \
    ggplot2.geom_smooth() + \
    ggplot2.facet_wrap(Formula('~ am'))

ggplot_notebook(p, height=300)

Answer 2

使用 rpy2 的 rmagic 扩展是可能的。不过，您似乎需要print()该图来显示它。这是一个示例会话： http: //nbviewer.ipython.org/5029692

如果你更喜欢直接使用rpy2，那一定是可以的。查看 ggplot2 的rpy2 文档。要将其放入笔记本中，您可以绘制到 PNG/SVG 设备，然后从 Python 端读取它（这就是 rmagic 所做的）。