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我需要使用两类问题的预测概率来绘制 ROC 曲线。需要使用不同的概率截止值来生成 ROC 曲线。

我正在使用随机森林预测类别概率

mydata<-read.table(file="out-all-gm-pr-hpcuts-wor-noAl.tr", header=TRUE, sep ="")
mydata$class <- as.factor(mydata$class)
mydata.rf<-randomForest(class ~ ., data=mydata,  importance = TRUE, mtry = 3, ntree = 100, proximity = TRUE )

使用上述森林对测试数据进行预测

mytestdata<-read.table(file="gmsim-craboff.tes",header=TRUE)
testpred<-predict(mydata.rf,mytestdata,type='prob')

我现在有一个数据文件，其中包含真实的类标签和测试数据的预测概率。我需要在概率中使用不同的截止值（比如0.1, 0.3, 0.5, 0.7, ）生成 ROC 曲线。0.9怎么办？

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我会做以下事情：

library(pROC)
roc(mytestdata$class, testpred, plot = TRUE)
于 2014-01-07T23:03:02.400 回答