r - 如何在嵌套的 for 循环中使用多个目录：

Question

似乎我对嵌套 for 循环的理解不够好。我正在尝试在嵌套的 for 循环中使用多个目录，如下所示：

    sp_folder1<-list.files("species1/",full.names=TRUE)
    sp_folder2<-list.files("species2/",full.names=TRUE)
setwd(sp_folder1)
    for(i in 1: length(sp_folder1)){
      for(j in 1: length(sp_folder2){
         sp_i<-read.delim(list.files(sp_folder1)[i],header=T)
    sp_j<-read.delim(list.files(sp_folder2)[j],header=T)
    Do something with both files
         }
      }

但是，我收到一个错误：文件错误（文件，'rt'）：无法打开连接没有这样的文件或目录：虽然，'sp_folder1'的第一个文件很好。我也尝试不设置工作目录，但仍然无法正常工作。

Answer 1

最简单的方法是在循环之前读取文件。我假设您有两个保存文件的子目录。

（代码未测试）

#create vectors of filenames
#I assume that this works for you
sp_folder1<-list.files("species1/",full.names=TRUE)
sp_folder2<-list.files("species2/",full.names=TRUE)

#set working directory
setwd('.../species1')
#loop over filenames, read all files and put the data.frames in a list
dat.list.1 <- lapply(sp_folder1,read.delim,header=TRUE)
setwd('.../species2')
dat.list.2 <- lapply(sp_folder2,read.delim,header=TRUE)

现在您有两个 data.frames 列表，您可以在循环中使用例如dat.list.1[[i]].