data-structures - 代谢途径的理想数据结构

Question

所以我有一个生物体内的大量化学物质清单，包括它们的前体化学物质和它们创造的化学物质的数据。

我在想某种树结构是合适的；每个化学品都是一个节点，每个父节点都是前驱体，每个子节点都是产物。

每个节点可能有多个父节点或多个子节点，因此我很困惑！

然而，这个结构的主要功能是找到所有的化学途径来制造它，我不确定一棵树在这种搜索中是否是最有效的。

我的问题是：对于这种类型的数据和操作，是否有更合适的数据结构？

Answer 1

我认为您的数据结构是有向图。

寻找从 A 到 B 的所有路径的蛮力方法是从 A 开始进行广度优先搜索，并尽可能多地覆盖图形。

这保证了您将找到的路径的长度从最短到最长排序。

每当您点击 B 时，您应该将该路径中的所有节点标记为“通向 B”。通过这种方式，您可以解释收敛路径，而无需多次遍历图表。

请记住，除非您对其进行约束，否则图形可能包含循环。从 A 到 B 的路径中的循环为您提供了无限的路径，因此您可以自行决定如何处理这种情况。