r - 在距离矩阵中查找 5 个最近样本的索引

Question

用户

我有一个距离矩阵 dMat 并想找到与第一个最近的 5 个样本。我可以在 R 中使用什么功能？我知道如何找到最接近的样本（参见第 3 行代码），但不知道如何获取其他 4 个样本。

编码：

Mat <- replicate(10, rnorm(10))
dMat <- as.matrix(dist(Mat))
which(dMat[,1]==min(dMat[,1]))

第 3 行代码查找最接近第一个样本的样本的索引。

谢谢你的帮助！

最好的，切加

Answer 1

您可以使用它order来执行此操作：

head(order(dMat[-1,1]),5)+1
[1] 10  3  4  8  6

请注意，我删除了第一个，因为您可能不想包含您的参考点距自身 0 距离的事实。

Answer 2

替代使用sort：

sort(dMat[,1], index.return = TRUE)$ix[1:6]

set.seed(.)在矩阵中使用时添加一个会很好，random numbers这样我们就可以显示结果是相同的。我将在这里跳过结果。

编辑（正确的解决方案）：上述解决方案只有在第一个元素总是最小的情况下才有效！这是正确的解决方案，它将始终为列的第一个元素提供 5 个最接近的值：

> sort(abs(dMat[-1,1] - dMat[1,1]), index.return=TRUE)$ix[1:5] + 1

例子：

> dMat <- matrix(c(70,4,2,1,6,80,90,100,3), ncol=1)
# James' solution
> head(order(dMat[-1,1]),5) + 1
[1] 4 3 9 2 5 # values are 1,2,3,4,6 (wrong)
# old sort solution
> sort(dMat[,1], index.return = TRUE)$ix[1:6]
[1] 4 3 9 2 5 1 #  values are 1,2,3,4,6,70 (wrong)
# Correct solution
> sort(abs(dMat[-1,1] - dMat[1,1]), index.return=TRUE)$ix[1:5] + 1
[1] 6 7 8 5 2 # values are 80,90,100,6,4 (right)