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我正在尝试构建一个循环遍历范围的脚本，并保存一个主成分与其他主成分的所有图形，没有重复，没有相同与相同，---例如，如果我生成 3 乘 3 的对称矩阵，我将拥有3 个有意义的数字：fig_1_2、fig_1_3 和 fig_2_3。我带来了那个有问题的解决方案

#!/usr/env python
import mdp
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
#
set1 = 'set1_smthing.txt'
set2 = 'set2_smthing.txt'
set3 = 'set3_smthing.txt'
bname = set1.split(".")[0].split("_")[0]
set1d = np.loadtxt(set1, delimiter=',')
set2d = np.loadtxt(set2, delimiter=',')
set3d = np.loadtxt(fchembl, delimiter=',')
set_comb = np.vstack([set1d,set2d,set3d])
# performing PCA with MDP
set_comb_pca = mdp.pca(set_comb,svd=True)
pcan = mdp.nodes.PCANode(output_dim=3)
pcar = pcan.execute(set_comb)
# graph the results - lower triangle
for i in range(1,6):
    for j in range(1,6):
            if i != j and i < j:
                fig = plt.figure()                                              
                ax = fig.add_subplot(111)
                ax.plot(pcar[(len(set1d)+1):(len(set1d)+len(set2d)), i], pcar[(len(set1d)+1):(len(set1d)+len(set2d)), j], marker='.', color='grey',linestyle="None")
                ax.plot(pcar[(len(set1d)+len(set2d)):, i], pcar[(len(set1d)+len(set2d)):, j], marker='.', color='blue',linestyle="None")
                ax.plot(pcar[1:len(set1d),i], pcar[1:len(set1d), j], marker='.', color='red',linestyle="None")
                # labels and title
                ax.set_xlabel('PC' + str(i) + '(%.3f%%)' % (pcan.d[i]))
                ax.set_ylabel('PC' + str(j) + '(%.3f%%)' % (pcan.d[j]))             
                plt.title(gname)                
                gname = bname + "_pc" + str(i) + "_vs_" + "pc" + str(j)             
                plt.title(bname)
                # saving image
                fig.savefig(gname + ".png")
                plt.close(fig)

该脚本仅生成 1 个图形 PC1 vs PC2 并退出。看来我的错误在枚举中。你能建议我更正吗？我用以下方法对其进行了测试： print gname - 一切正常。错误脚本的输出如下。

<matplotlib.text.Text object at 0x11817e10>
[<matplotlib.lines.Line2D object at 0x11814610>]
[<matplotlib.lines.Line2D object at 0xd2d7710>]
[<matplotlib.lines.Line2D object at 0xd2d7bd0>]
<matplotlib.text.Text object at 0x11812690>
<matplotlib.text.Text object at 0x11814d10>
<matplotlib.text.Text object at 0x11817e10>
<matplotlib.text.Text object at 0xd2ff090>
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 9, in <module>
IndexError: invalid index
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1 回答 1

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我可以告诉你，你是一名前 Matlab 程序员。您将学会爱上基于 0 的索引！

您有一个 IndexError 但很难调试，因为您要索引很多不同的东西，通常每行多次。将代码放入脚本并运行它（run main.py在 ipython 中或python main.py从终端），至少您会知道错误发生在哪里。我怀疑您有一个错误，因为您似乎正在使用基于 1 的索引。

怎么样：

# Extract PCA components for each set
pca1 = pcar[:len(set1d)]
pca2 = pcar[len(set1d):len(set1d)+len(set2d)]
pca3 = pcar[-len(set3d):]

# Iterate over each pair of components
for i in range(3):
    for j in range(i+1, 3):
        f = plt.figure()
        ax = f.add_subplot(111)

        ax.plot(pca1[:, i], pca1[:, j], 'b.')
        ax.plot(pca2[:, i], pca2[:, j], 'r.')
        ax.plot(pca3[:, i], pca3[:, j], 'g.')

        ax.set_xlabel('PC%d' % i)
        ax.set_ylabel('PC%d' % j)

        plt.savefig('PC%d_vs_PC%d.png' % (i, j))
        plt.close(f)

顺便说一句，总的来说，我发现将计算代码与绘图代码分开非常有用。这就是为什么我建议在进入循环之前分离数据集。您希望您的绘图代码专注于绘图，而不是复杂的索引。

于 2013-01-12T08:26:34.503 回答