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我想将 16S Microbial 数据库格式转换为 fasta 格式。我使用 Blast+ 程序（2.2.27+ 版本的 Window）。我可以安装这个程序，我知道我必须使用 blastdbcmd 命令。问题是我不知道如何正确编写命令，而且我有一条错误消息： No alias or index file found nucleotide database 16SMicrobial in search path C:users\Debora\blast-2.2.27+ ; C:users\Debora\blast-2.2.27+\db\16SMicrobial

16S 微生物文件在 db 文件中。16S 微生物已解压缩和解压缩。

我试图编辑环境变量，我打算编辑用户和系统变量，但我真的不明白我必须写什么。所以，我怀疑数据库在错误的地方，但我不知道如何更正。

我希望有人可以帮助我！！！！

谢谢大家！！！

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发生的事情是您的 blastdbcmd 程序找不到您的 16s 数据库。您需要先将数据库设置为 .phr/.pin/.psq 或 .nhr/.nin/.nsq 文件。然后你必须确保你的程序知道去哪里找。最简单的方法是使用 .ncbirc 文件，该文件应与实际的 blastdbcmd 可执行文件位于同一目录中。在 Windows 上，我认为该文件是 .ncbi.ini，但我不确定。我也不知道格式，但你应该可以用谷歌搜索。为了让您在我的 mac 上有所了解，该文件包含该行BLASTDB=/Users/myName/blast/db，该目录是我存储数据库的位置。

于 2013-01-02T23:18:53.973 回答